README

   1 TrakEM2
   2 -------
   3
   4 Copyright 2005, 2006, 2007 Albert Cardona and Rodney Douglas.
   5
   6 Contact: acardona at ini phys ethz ch
   7
   8 To compile the source you need:
   9 - A java system compliant with Java 1.5.0 (Sun Microsystems), but 1.6.0 is STRONGLY recommended.
  10 - ImageJ 1.37g or higher from http://rsb.info.nih.gov/ij/upgrade/
  11 - The PostgreSQL JDBC driver, from http://jdbc.postgresql.org/download/postgresql-8.1-405.jdbc3.jar
  12 - A number of jars (precompiled for java 1.6.0):
  13         http://www.ini.uzh.ch/~acardona/jars/edu_mines_jtk.jar
  14         http://www.ini.uzh.ch/~acardona/jars/ImageJ_3D_Viewer.jar
  15         http://www.ini.uzh.ch/~acardona/jars/AmiraMesh_.jar
  16         http://www.ini.uzh.ch/~acardona/jars/jzlib-1.0.7.jar
  17         http://www.ini.uzh.ch/~acardona/jars/Jama-1.0.2.jar
  18
  19 You can get the latest source code from the git repository at:
  20         http://repo.or.cz/w/trakem2.git
  21
  22 It is strongly recommended to use Java 1.6.0 whenever possible, since repainting speed is much higher.
  23
  24 To compile, use a script similar to:
  25
  26         $ javac -classpath ij.jar:$(find . -name "*.jar" -printf "%h/%f:"):. $(find . -name "*.java" -printf "%h/%f ")
  27
  28 You can then create a jar file using:
  29
  30         $ jar cf TrakEM2_.jar plugins.config $(find . -name "*.class" -printf "%h/%f ")
  31
  32
  33
  34 which can be placed in the ImageJ plugins folder and will appear as a menu:
  35 Plugins
  36    |
  37    --- TrakEM2
  38           |
  39           --- New Project (from template)
  40           --- New Project (blank)
  41           --- Open Project
  42
  43
  44 A postgresql database is OPTIONAL: as of version 0.3g, XML / file system -based projects are also available.
  45
  46 In an XML project, images exist in your folders wherever you choose, and then the entire project details (segmentations, labels, transformations of the images, etc) live in a single .xml file.
  47
  48 For database projects, a PostgreSQL database (7.4.* or 8.1.3 or above) is required.
  49 Get PostgreSQL from http://www.postgresql.org
  50
  51
  52 Have fun! Beer and comments to acardona at ini phys ethz ch