lineage/generate_reference_SAT_lineage_library.clj

   1 ; Albert Cardona 2009
   2 ; Asks for a directory and recursively opens all XML files in it,
   3 ; creating a new hidden TrakEM2 project from it,
   4 ; and then if it has fiducial points, reads them out
   5 ; and reads all lineages from it.
   6
   7 (ns lineage.identify
   8   (:import (ini.trakem2.analysis Compare)
   9            (ini.trakem2 Project ControlWindow)
  10            (ini.trakem2.display Line3D Pipe Polyline)
  11            (ij.text TextWindow)
  12            (ij.io DirectoryChooser)
  13            (java.io File FilenameFilter StringWriter)))
  14
  15 (def
  16   #^{:doc "The lineages to ignore from all open projects"}
  17   regex-exclude "(.*unknown.*)|(.*poorly.*)|(.*MB.*)|(.*TR.*)")
  18
  19 (defn gather-chains
  20   "Collect and calibrate all possible calibrated VectorString chains from all lineages in project"
  21   [project]
  22   (let [ls (.getRootLayerSet project)
  23         cal (.getCalibrationCopy ls)]
  24     (map
  25       (fn [chain]
  26         (.calibrate (.vs chain) cal)
  27         chain)
  28       (Compare/createPipeChains (.getRootProjectThing project) ls regex-exclude))))
  29
  30 (defn gather-mb
  31   "Take the mushroom body of the project and store it as two chains,
  32   one titled 'peduncle + dorsal lobe' and another 'peduncle + medial lobe'."
  33   [project]
  34   (let [ls (.getRootLayerSet project)
  35         cal (.getCalibrationCopy ls)]
  36     (if-let [peduncle (.findChild (.getRootProjectThing project) "peduncle")]
  37       (let [medial-lobe (.findChild peduncle "medial lobe")
  38             dorsal-lobe (.findChild peduncle "dorsal lobe")
  39             c1 (ini.trakem2.analysis.Compare$Chain. (.getObject (first (.findChildrenOfType peduncle "pipe"))))
  40             c2 (.duplicate c1)]
  41         (.append c1 (.getObject (first (.findChildrenOfType medial-lobe "pipe"))))
  42         (.append c2 (.getObject (first (.findChildrenOfType dorsal-lobe "pipe"))))
  43         (map
  44           (fn [chain title]
  45             (set! (.title chain) title)
  46             (.calibrate (.vs chain) cal)
  47             chain)
  48           [c1 c2]
  49           ["peduncle + medial lobe" "peduncle + dorsal lobe"]))
  50       ; Else empty list
  51       [])))
  52
  53 (defn gather-fiducials
  54   "Extract a table of calibrated fiducial points in project,
  55   in the form {<name> [x y z] ...}"
  56   [project]
  57   (if-let [fids (first (.. project getRootProjectThing (findChildrenOfTypeR "fiducial_points")))]
  58     (reduce
  59       (fn [m e]
  60         (let [t (.getValue e)]
  61           (assoc m (.getKey e) [(.x t) (.y t) (.z t)])))
  62             {}
  63             (Compare/extractPoints fids))
  64     nil))
  65
  66 (defn gather-xmls
  67   "Scan a folder for XML files, recursively."
  68   [dir regex-exclude]
  69   (reduce
  70     (fn [v filename]
  71       (if (.isDirectory (File. dir filename))
  72         (into v (gather-xmls (str dir \/ filename) regex-exclude))
  73         (if (.endsWith (.toLowerCase filename) ".xml")
  74           (conj v (str dir \/ filename))
  75           v)))
  76     []
  77     (.list (File. dir)
  78          (proxy [FilenameFilter] []
  79            (accept [fdir filename]
  80              (and (not (.isHidden (File. fdir filename)))
  81                   (nil? (re-matches (re-pattern regex-exclude) (str (.getAbsolutePath fdir) \/ filename)))))))))
  82
  83 (defn fix-title
  84   "Takes a title like 'DALv2 [lineage] #123 FRT42D-BP106'
  85   and returns the title without the word in the last set of brackets, like:
  86   'DALv2 #123 FRT42D-BP106'"
  87   [title]
  88   (let [i-last (.lastIndexOf title (int \]))]
  89     (if (= -1 i-last)
  90       title
  91       (let [i-first (.lastIndexOf title (int \[) (dec i-last))]
  92         (if (= -1 i-first)
  93           title
  94           (str (.substring title 0 i-first) (.substring title (inc i-last))))))))
  95
  96
  97 (defn gather-SATs
  98   "Take a list of chains, each one representing a SAT,
  99   and return a table of tables, like:
 100   {\"DPLpv\" {:x [...] :y [...] :z [...]}}"
 101   [project]
 102   (reduce
 103     (fn [m chain]
 104       (assoc m
 105              (fix-title (.getCellTitle chain))
 106              {:x (seq (.getPoints (.vs chain) 0))
 107               :y (seq (.getPoints (.vs chain) 1))
 108               :z (seq (.getPoints (.vs chain) 2))}))
 109
 110     {}
 111     (into (gather-chains project) (gather-mb project))))
 112
 113 (defn generate-SAT-lib
 114   "Create the SAT library from a root directory.
 115   Will include all XML in any subfolder, recursively."
 116   [xmls]
 117   (reduce
 118     (fn [m xml-path]
 119       (let [project (Project/openFSProject xml-path false)
 120             fids (gather-fiducials project)]
 121         (if (and
 122               fids
 123               (not (empty? fids)))
 124           (let [r (assoc m
 125                          (.toString project)
 126                          {:source xml-path
 127                           :fiducials fids
 128                           :SATs (gather-SATs project)})]
 129             (.destroy project)
 130             r)
 131           ; Else, ignore
 132           (do
 133             (.destroy project)
 134             (println "No fiducials found in" xml-path)
 135             m))))
 136     {}
 137     xmls))
 138
 139 (defn start
 140   "Will ignore any of the xml files in the chosen dir whose absolute file path matches the regex-exclude string."
 141   ([regex-exclude]
 142     (if-let [dir (.getDirectory (DirectoryChooser. "Choose root dir"))]
 143       (start dir regex-exclude)))
 144   ([dir regex-exclude]
 145     (ControlWindow/setGUIEnabled false)
 146     (try
 147       (TextWindow. "SAT-lib.clj"
 148                    (let [sw (StringWriter.)]
 149                      (binding [*out* sw]
 150                        (prn (generate-SAT-lib (gather-xmls dir regex-exclude))))
 151                        (.toString sw))
 152                     400 400)
 153       (catch Exception e
 154         (.printStackTrace e)))
 155     (ControlWindow/setGUIEnabled true)))
 156