share/top/charmm27.ff/aminoacids.c.tdb

   1 [ None ]
   2
   3 [ COO- ]
   4 [ replace ]
   5  C      C       CC              12.011  0.34
   6  O      OT1     OC              15.9994 -0.67
   7  OXT    OT2     OC              15.9994 -0.67
   8 [ add ]
   9  2      8       OT      C       CA      N
  10         OC      15.9994 -0.67
  11 [ impropers ]
  12  C      CA      OT2     OT1
  13
  14 ; Created by Cuendet and Bjelkmar.
  15 [ COOH ]
  16 [ replace ]
  17  C      C       CD              12.011  0.72
  18  O      OT1     OB              15.9994 -0.55
  19  OXT    OT2     OH              15.9994 -0.61
  20 [ add ]
  21  2      8       OT      C       CA      N
  22         OB      15.9994 -0.55
  23  1      2       HT2     OT2     C       CA
  24         H       1.008   0.44
  25 [ replace ]
  26  OT2    OT2     OH1             15.9994 -0.61
  27 [ impropers ]
  28  C      CA      OT2     OT1
  29
  30 ; Created by Michel Cuendet.
  31 [ CT2 ]
  32 [ replace ]
  33  C              CC              12.011  0.55
  34  O              O               15.9994 -0.55
  35 [ add ]
  36  1      2       NT      C       CA      N
  37         NH2     14.0027 -0.62
  38  2      3       HT      NT      C       CA
  39         H       1.008   0.00
  40 [ replace ]
  41  HT1            H               1.008   0.30    ; this one is trans to O
  42  HT2            H               1.008   0.32    ; this one is cis to O
  43 [ impropers ]
  44  C      NT      CA      O
  45  C      CA      NT      O
  46  NT     C       HT1     HT2
  47  NT     C       HT2     HT1