docs/user-guide/index.rst

   1 .. _user guide:
   2
   3 **********
   4 User guide
   5 **********
   6
   7 .. highlight:: bash
   8
   9 This guide provides
  10
  11 * material introducing |Gromacs|
  12 * practical advice for making effective use of |Gromacs|.
  13
  14 For getting, building and installing |Gromacs|, see the
  15 :doc:`/install-guide/index`.
  16 For background on algorithms and implementations, see the
  17 :ref:`reference manual part <gmx-reference-manual-rst>` of the documentation.
  18
  19 .. TODO This is going to require more organization now that
  20    we are getting more content available.
  21
  22 .. toctree::
  23    :maxdepth: 2
  24
  25    getting-started
  26    system-preparation
  27    managing-simulations
  28    faq
  29    force-fields
  30    cutoff-schemes
  31    cmdline
  32    mdp-options
  33    mdrun-features
  34    mdrun-performance
  35    run-time-errors
  36    cmdline
  37    terminology
  38    environment-variables
  39    floating-point