t/SABlastPlus.t

   1
   2 #-*-perl-*-
   3 #$Id$
   4 # testing StandAloneBlastPlus.pm
   5
   6 use strict;
   7 use warnings;
   8 our $home;
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 65,
  12            -requires_modules => [qw( Bio::Tools::Run::BlastPlus)]);
  13 }
  14
  15 use_ok( 'Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus' );
  16 use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase' );
  17 use_ok( 'Bio::Tools::Run::WrapperBase::CommandExts' );
  18 use Bio::SeqIO;
  19 use Bio::AlignIO;
  20
  21 ok my $bpfac = Bio::Tools::Run::BlastPlus->new(-command => 'makeblastdb'),
  22     "BlastPlus factory";
  23
  24 SKIP : {
  25     test_skip( -tests => 59,
  26            -requires_executable => $bpfac);
  27     diag('DB and mask make tests');
  28
  29     # testing using fasta files as input...
  30     ok my $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  31     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  32     -create => 1
  33     ), "make factory";
  34     ok $fac->make_db, "test db made with fasta";
  35     like $fac->db, qr/DB.{5}/, "temp db";
  36     is ($fac->db_type, 'nucl', "right type");
  37     $fac->cleanup;
  38
  39     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  40     -db_name => 'test',
  41     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  42     -create => 1
  43     );
  44
  45     like($fac->program_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'program version');
  46     like($fac->package_version, qr/2\.\d+\.\d+/, 'package version');
  47
  48     ok $fac->make_db, "named db made";
  49     ok $fac->check_db, "check_db";
  50     is $fac->db, 'test', "correct name";
  51     is ref $fac->db_info, 'HASH', "dbinfo hash returned";
  52     is $fac->db_type, 'nucl', "correct type";
  53
  54     ok $fac->make_mask(
  55     -data=>test_input_file('test-spa.fas'),
  56     -masker=>'windowmasker'), "windowmasker mask made";
  57     ok $fac->make_mask(
  58     -data=>test_input_file('test-spa.fas'),
  59     -masker=>'dustmasker'), "dustmasker mask made";
  60
  61     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  62     -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  63     -create => 1
  64     );
  65     ok $fac->check_db('test'), "check_db with arg";
  66     is $fac->db_info('test')->{_db_type}, 'nucl', "db_info with arg";
  67     ok $fac->make_db, "protein db made";
  68     is $fac->db_type, 'prot', "correct type";
  69     ok $fac->make_mask(-data=>$fac->db, -masker=>'segmasker'), "segmasker mask made";
  70     ok $fac->make_mask(
  71     -data=>$fac->db,
  72     -masker=>'segmasker'), "segmasker mask made; blastdb as data";
  73     $fac->_register_temp_for_cleanup('test');
  74     $fac->cleanup;
  75
  76     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  77     -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
  78     -mask_file => test_input_file('segmask_data.asn'),
  79     -create => 1
  80     );
  81     ok $fac->make_db, "protein db made with pre-built mask";
  82     is $fac->db_filter_algorithms->[0]{algorithm_name}, 'seg', "db_info records mask info";
  83
  84     $fac->cleanup;
  85
  86
  87     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
  88     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  89     -masker=>'windowmasker',
  90     -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
  91     -create => 1
  92     );
  93     $fac->no_throw_on_crash(1);
  94
  95     TODO: {
  96         local $TODO = 'BLAST+ 2.2.24+ not working';
  97         ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (windowmasker)";
  98     }
  99     $fac->cleanup;
 100
 101     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 102     -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 103     -masker=>'segmasker',
 104     -mask_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 105     -create => 1
 106     );
 107     $fac->no_throw_on_crash(1);
 108     TODO: {
 109         local $TODO = 'BLAST+ 2.2.24+ not working';
 110         ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (segmasker)";
 111     }
 112     $fac->cleanup;
 113
 114     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 115     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 116     -masker=>'dustmasker',
 117     -mask_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 118     -create => 1
 119     );
 120     $fac->no_throw_on_crash(1);
 121     TODO: {
 122         local $TODO = 'BLAST+ 2.2.24+ not working';
 123         ok $fac->make_db, "mask built and db made on construction (dustmasker)";
 124     }
 125     $fac->cleanup;
 126     # tests with Bio:: objects as input
 127
 128     ok my $sio = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('test-spa.fas'));
 129     ok my $aio = Bio::AlignIO->new(-file => test_input_file('test-spa-p.fas'));
 130
 131     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 132     -db_name => 'siodb',
 133     -db_data => $sio,
 134     -create => 1
 135     );
 136     ok $fac->make_db, "make db from Bio::SeqIO";
 137     $fac->cleanup;
 138     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 139     -db_name => 'aiodb',
 140     -db_data => $aio,
 141     -create => 1
 142     );
 143     ok $fac->make_db, "make db from Bio::AlignIO";
 144
 145     $fac->cleanup;
 146
 147     $aio = Bio::AlignIO->new(-file=>test_input_file('test-aln.msf'));
 148     my @seqs = $aio->next_aln->each_seq;
 149     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 150     -db_name => 'aiodb',
 151     -db_data => \@seqs,
 152     -create => 1
 153     );
 154     ok $fac->make_db, 'make db from \@seqs';
 155
 156     $fac->_register_temp_for_cleanup( 'aiodb', 'siodb' );
 157     $fac->cleanup;
 158
 159     # bug#3003 :
 160     #$DB::single=1;
 161     mkdir "./a"; mkdir "./a/b";
 162     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 163     -db_dir => "./a/b",
 164     -db_name => "test",
 165     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 166     -create => 1
 167     ), "dbdir : ./a/b; dbname : test; create";
 168     ok $fac->make_db, "make db";
 169     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 170            -db_dir => "./a",
 171            -db_name => "b/test"
 172            ) };
 173     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 174            -db_dir => ".",
 175            -db_name => "a/b/test"
 176            ) };
 177     lives_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 178            -db_name => "a/b/test"
 179            ) };
 180     dies_ok { Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 181            -db_name => "/a/b/test"
 182            ) };
 183     $fac->_register_temp_for_cleanup('a/b/test');
 184     $fac->cleanup;
 185     rmdir 'a/b';
 186     rmdir 'a';
 187     # exception tests here someday.
 188
 189     # blast method tests
 190     diag("run BLAST methods");
 191
 192     $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 193     -db_data => test_input_file('test-spa.fas'),
 194     -create => 1);
 195
 196     ok my $result = $fac->run( -method => 'blastn', -query => test_input_file('test-query.fas')), "run blastn";
 197     is $result->num_hits, 291, "default hit limit";
 198     ok $result = $fac->blastn( -query => test_input_file('test-query.fas'),
 199                    -method_args => [ -num_alignments => 1000 ] ), "return more alignments (arg spec)";
 200     is $result->num_hits, 291, "got more hits";
 201     $fac->cleanup;
 202     my $ntseq = Bio::Seq->new( -seq => 'GACGATCCTTCGGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAG', -id => 'SA009');
 203     my $aaseq = $ntseq->translate;
 204
 205     ok $result = $fac->blastn( -query => $ntseq  ), "run blastn with Bio::Seq query";
 206     $fac->no_throw_on_crash(1);
 207     ok $result = $fac->tblastn( -query => $aaseq ), "run tblastn";
 208     is $result->num_hits, 299, "tblastn hits";
 209     ok $result = $fac->tblastx( -query => $ntseq ), "run tblastx";
 210     is $result->num_hits, 299, "tblastx hits";
 211     $fac->cleanup;
 212
 213     ok $fac = Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus->new(
 214     -db_data => test_input_file('test-spa-p.fas'),
 215     -create => 1);
 216     ok $result = $fac->blastp( -query => $aaseq ), "run blastp";
 217     is $result->num_hits, 222, "blastp hits";
 218     $fac->cleanup;
 219
 220     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('test-spa.fas'));
 221     $sio->next_seq;
 222     my $seq1 = $sio->next_seq;
 223     my $seq2 = $sio->next_seq;
 224
 225     ok $result = $fac->bl2seq( -method => 'blastn',
 226                    -query => $seq1,
 227                    -subject => $seq2 ), "bl2seq (blastn)";
 228     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 229     ok $result = $fac->bl2seq( -method => 'blastx',
 230                    -query => $seq1,
 231                    -subject => $seq2 ), "bl2seq (blastx)";
 232     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 233     $seq1 = $seq1->translate;
 234     $seq2 = $seq2->translate;
 235     ok $result = $fac->bl2seq( -method => 'blastp',
 236                    -query => $seq1,
 237                    -subject => $seq2 ), "bl2seq (blastp)";
 238     is $result->num_hits, 1, "got hit";
 239     $fac->cleanup;
 240 } # SKIP to here
 241
 242 1;