t/MAFFT.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 use vars qw($DEBUG);
   7 $DEBUG = test_debug();
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 23);
  11     use_ok(' Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT');
  12     use_ok(' Bio::AlignIO');
  13     use_ok(' Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  17
  18 my @params = (-verbose => $DEBUG,
  19               'quiet'  => 1);
  20 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT->new(@params);
  21
  22 isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT';
  23
  24 my $inputfilename = test_input_file("cysprot.fa");
  25 my $aln;
  26
  27 SKIP: {
  28     test_skip(-requires_executable => $factory,
  29               -tests => 19);
  30
  31     $factory->executable($factory->method);
  32
  33     my $version = $factory->version;
  34     ok($version);
  35     $aln = $factory->align($inputfilename);
  36     ok($aln);
  37     is( $aln->num_sequences, 7);
  38
  39     my $str = Bio::SeqIO->new('-file'   => test_input_file("cysprot.fa"),
  40                               '-format' => 'Fasta');
  41     my @seq_array =();
  42
  43     while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  44         push (@seq_array, $seq) ;
  45     }
  46
  47     my $seq_array_ref = \@seq_array;
  48
  49     $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  50     is $aln->num_sequences, 7;
  51     my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  52     cmp_ok(int($s1_perid), '>=', 42, '42 or 43 expected');
  53
  54     for my $method ( grep { !/rough/ } $factory->methods ) {
  55         $factory->method($method);
  56         $aln = $factory->align($inputfilename);
  57         is $aln->num_sequences, 7;
  58         my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  59         ok($s1_perid);
  60     }
  61
  62     SKIP: {
  63         skip("Tests require version 6 of MAFFT", 6) unless $factory->_version6;
  64         $factory->localpair(1);
  65         $aln = $factory->align( $inputfilename );
  66         is $aln->num_sequences, 7;
  67         $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  68         ok($s1_perid);
  69
  70         $factory->globalpair(1);
  71         throws_ok { $aln = $factory->align( $inputfilename ) }
  72                   qr/You can't specify more than one of/,
  73                   'More than one alignment method throws';
  74
  75         my @extra_params = qw/ localpair 1 maxiterate 10000 /;
  76         $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT->new(@params, @extra_params);
  77         isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT';
  78         $aln = $factory->align( $inputfilename );
  79         is $aln->num_sequences, 7;
  80         $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  81         ok($s1_perid);
  82     }
  83 }