t/Cap3.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     test_begin(-tests => 91,
   6                -requires_modules => [qw(Bio::Tools::Run::Cap3)]);
   7     use_ok('Bio::SeqIO');
   8 }
   9
  10
  11 my $assembler;
  12 ok($assembler = Bio::Tools::Run::Cap3->new());
  13 isa_ok($assembler, 'Bio::Tools::Run::Cap3');
  14
  15 ok($assembler->program_name('aaa'));
  16 is($assembler->program_name, 'aaa');
  17
  18 ok($assembler->program_dir('/dir'));
  19 is($assembler->program_dir, '/dir');
  20
  21 my @params = @Bio::Tools::Run::Cap3::program_params;
  22 for my $param (@params) {
  23   ok($assembler->$param(321));
  24   is($assembler->$param(), 321);
  25 }
  26
  27 my @switches = @Bio::Tools::Run::Cap3::program_switches;
  28 for my $switch (@switches) {
  29   ok($assembler->$switch(1));
  30   is($assembler->$switch(), 1);
  31 }
  32
  33 # test the program itself
  34 my $program_name = $Bio::Tools::Run::Cap3::program_name;
  35 ok($assembler->program_name($program_name));
  36 SKIP: {
  37     test_skip(-requires_executable => $assembler,
  38               -tests => 41);
  39
  40    # Input data
  41    my $result_file = 'results.ace';
  42    my $fasta_file = test_input_file('sample_dataset_1.fa');
  43    my $qual_file  = test_input_file('sample_dataset_1.qual');
  44    my $io = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, -format => 'fasta' );
  45    my @seq_arr;
  46    while (my $seq = $io->next_seq) {
  47       push @seq_arr, $seq;
  48    }
  49    $io = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_file, -format => 'qual' );
  50    my @qual_arr;
  51    while (my $qual = $io->next_seq) {
  52       push @qual_arr, $qual;
  53    }
  54
  55    my $asm;
  56    ok($assembler = Bio::Tools::Run::Cap3->new());
  57
  58    # Try FASTA or sequence object input
  59    ok($asm = $assembler->run($fasta_file));
  60    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  61    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  62    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  63
  64    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  65    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  66    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  67    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  68
  69    # Try optional quality score input as a QUAL file or bioperl objects
  70    ok($asm = $assembler->run($fasta_file, $qual_file));
  71    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  72    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  73    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  74
  75    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr, \@qual_arr));
  76    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  77    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  78    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  79
  80    # Try the different output types
  81    ok($assembler->out_type($result_file));
  82    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  83    ok($asm eq $result_file);
  84    is((-f $asm), 1);
  85    unlink $result_file;
  86
  87    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::IO'));
  88    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  89    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::IO');
  90    ok($asm->next_assembly);
  91
  92    ok($assembler->out_type('Bio::Assembly::ScaffoldI'));
  93    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
  94    isa_ok($asm, 'Bio::Assembly::ScaffoldI');
  95    is($asm->get_nof_singlets, 0);
  96    is($asm->get_nof_contigs, 3);
  97
  98    # Try some Cap3 specific parameters
  99    ok($assembler->overlap_length_cutoff(1000));
 100    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 101    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 102    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 103
 104    ok($assembler->overlap_length_cutoff(21));
 105    ok($assembler->overlap_identity_cutoff(100));
 106    ok($asm = $assembler->run(\@seq_arr));
 107    is($asm->get_nof_singlets, 0);
 108    is($asm->get_nof_contigs, 0);
 109
 110    # Function alias
 111    ok($assembler->minimum_overlap_similarity(100));
 112    ok($assembler->minimum_overlap_length(20));
 113 }