Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for bioperl-run modules
   3
   4 Full details of changes between all versions are available online at:
   5 http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
   6
   7 1.6.2 Release
   8 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
   9   that use it [fangly, maj]
  10 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  11   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  12 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  13   [cjfields]
  14 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  15 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  16   versions deprecated) [cjfields]
  17 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  18 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  19
  20 1.6.0 Release
  21
  22 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  23   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  24   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  25   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  26   for Mobyle.
  27
  28 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  29
  30 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  31
  32 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  33
  34    o First major release in a while, so lots of things in this release
  35
  36    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  37      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  38      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  39      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  40      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  41
  42    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  43
  44    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  45      argument validation.
  46
  47    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  48      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  49
  50
  51 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  52
  53     o Soaplab
  54       - API changes
  55       - binary input added
  56
  57     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  58       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  59       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  60         and SEE ALSO parts.
  61       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  62         can be set by the client.
  63       - remote parameter to -location to conform to
  64         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  65       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  66
  67     o Bio::Tools::Run::Eponine
  68       - More standardized way of running
  69
  70     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  71       - Write the files properly
  72       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  73
  74     o Bio::Tools::Run::Genewise
  75       - more options
  76
  77     o Bio::Tools::Run::Genscan
  78       - doc fix
  79
  80     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  81       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  82
  83     o Bio::Tools::Run::Mdust
  84       - new location
  85       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
  86       - use Bio::Root::IO to build up paths
  87       - Modified documentation to conform to bioperl format
  88
  89     o Bio::Tools::Run::Signalp
  90       - uniform sequence truncation lenght
  91
  92     o Bio::Tools::Run::Vista
  93       - new module
  94       - Support more options
  95       - More documentation
  96       - fix reverse sequence bug
  97
  98     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
  99       - Allow more than one alignment
 100
 101     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 102       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 103
 104     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 105       - moved from Bio::Tools::Run name space
 106       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 107         properly closed, etc
 108
 109     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 110       - program name included
 111       - small fixes and addition of options
 112       - added the right credits.
 113       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 114       - Quiet declaration warnings
 115
 116
 117 1.2  Developer release
 118
 119     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 120       applications
 121
 122     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 123       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 124       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 125
 126     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 127
 128     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 129
 130     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 131
 132 0.01 Initial release
 133
 134     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 135       runnable wrapper modules.
 136
 137     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 138
 139     o Support for Molphy protml, nucml to come
 140
 141     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 142       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 143       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 144       equivalent.
 145
 146     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 147
 148     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 149
 150     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 151       queue.
 152
 153     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 154
 155