DEPENDENCIES

   1 BioPerl-run Dependencies
   2
   3 NOTE : This file was auto-generated by the core helper script
   4 maintenance/dependencies.pl. Do not edit directly!
   5
   6 The following packages are used by BioPerl. While not all are required for
   7 BioPerl to operate properly, some functionality will be missing without them.
   8 You can easily choose to install all of these during the normal installation
   9 process. Note that the PPM version of the BioPerl packages always tries to
  10 install all dependencies.
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  12 NB: This list of packages is not authoritative. See the 'requires',
  13 'build_requires' and 'recommends' sections of Build.PL instead.
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  15  ==============================================================================
  16 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
  17 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
  18 | IO-String                 | * IO::String - IO::File interface    |   None    |
  19 |                           |   for in-core strings                |           |
  20 |==============================================================================|
  21 | Used by:                                                                     |
  22 |------------------------------------------------------------------------------|
  23 | * Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense - IO::String                      |
  24  ==============================================================================
  25  ==============================================================================
  26 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
  27 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
  28 | IPC-Run                   | * IPC::Run - Child procs w/ piping,  |   None    |
  29 |                           |   redir and psuedo-ttys              |           |
  30 |==============================================================================|
  31 | Used by:                                                                     |
  32 |------------------------------------------------------------------------------|
  33 | * Bio::Tools::Run::Genemark - IPC::Run                                       |
  34 | * Bio::Tools::Run::Glimmer - IPC::Run                                        |
  35 | * Bio::Tools::Run::TigrAssembler - IPC::Run                                  |
  36 | * Bio::Tools::Run::tRNAscanSE - IPC::Run                                     |
  37  ==============================================================================
  38  ==============================================================================
  39 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
  40 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
  41 | XML-Twig                  | * XML::Twig - A module for easy      |   None    |
  42 |                           |   processing of XML                  |           |
  43 |==============================================================================|
  44 | Used by:                                                                     |
  45 |------------------------------------------------------------------------------|
  46 | * Bio::Tools::Run::EMBOSSacd - XML::Twig                                     |
  47  ==============================================================================
  48  ==============================================================================
  49 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
  50 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
  51 | bioperl                   | * Bio::Seq - NA                      |   None    |
  52 |==============================================================================|
  53 | Used by:                                                                     |
  54 |------------------------------------------------------------------------------|
  55 | * Bio::Tools::Run::Cap3 - Bio::Seq                                           |
  56 | * Bio::Tools::Run::Genscan - Bio::Seq                                        |
  57 | * Bio::Tools::Run::TribeMCL - Bio::Seq                                       |
  58 | * Bio::Tools::Run::Vista - Bio::Seq                                          |
  59 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Amap - Bio::Seq                                |
  60 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw - Bio::Seq                            |
  61 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign - Bio::Seq                              |
  62 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan - Bio::Seq                               |
  63 | * Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT - Bio::Seq                               |
  64 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle - Bio::Seq                              |
  65 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign - Bio::Seq                           |
  66 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons - Bio::Seq                            |
  67 | * Bio::Tools::Run::Alignment::Proda - Bio::Seq                               |
  68 | * Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta - Bio::Seq                     |
  69 | * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - Bio::Seq                             |
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  71  ==============================================================================
  72 | Distribution              | Module used - Description            | Min. ver. |
  73 |---------------------------+--------------------------------------+-----------|
  74 | libwww-perl               | * HTTP::Request::Common - Functions  |   None    |
  75 |                           |   that generate HTTP::Requests       |           |
  76 |                           | * LWP - Libwww-perl                  |           |
  77 |==============================================================================|
  78 | Used by:                                                                     |
  79 |------------------------------------------------------------------------------|
  80 | * Bio::Installer::Generic - HTTP::Request::Common                            |
  81 | * Bio::Installer::Generic - LWP                                              |
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