t/TribeMCL.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 22;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16
  17 use Bio::Tools::Run::TribeMCL;
  18 use Bio::SearchIO;
  19
  20 END {
  21     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  22         skip("TribeMCL program not found. Skipping. (Be sure you have the TribeMCL package",1);
  23     }
  24 }
  25
  26 eval{
  27     require "Algorithm/Diff.pm";
  28 };
  29 if($@){
  30     warn("Need Algorithm::Diff to run TribeMCL");
  31     exit(0);
  32 }
  33
  34 my $blast_out = Bio::Root::IO->catfile("t","data","TribeMCL.bls");
  35
  36 #do from raw blast output
  37 my @params=('inputtype'=>'blastfile',I=>'3.0');
  38 my $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  39
  40 unless ($fact){
  41         warn("Couldn't create a TribeMCL wrapper");
  42             exit(0);
  43 }
  44 my $desc = Bio::Root::IO->catfile("t","data","TribeMCL.desc");
  45 $fact->description_file($desc);
  46
  47 ok $fact->isa('Bio::Tools::Run::TribeMCL');
  48 unless ($fact->matrix_executable){
  49     warn("Tribe Matrix program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  50                 exit 0;
  51 }
  52 unless ($fact->mcl_executable){
  53     warn("Markov Clustering program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  54                 exit 0;
  55 }
  56
  57 my $bequiet = 1 ;
  58 $fact->quiet($bequiet);
  59
  60 my ($fam) = $fact->run($blast_out);
  61 my @members = $fam->get_members;
  62 ok $fam->isa("Bio::Cluster::SequenceFamily");
  63 ok $members[0]->isa("Bio::Seq");
  64 ok ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
  65 ok ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
  66 ok ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
  67 ok ($fam->description,'ubiquitin');
  68 ok ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
  69 ok ($fam->size,91);
  70
  71 #do from searchio
  72
  73 my $sio = Bio::SearchIO->new(-format=>'blast',
  74                              -file=>$blast_out);
  75
  76 @params=('inputtype'=>'searchio',I=>'3.0');
  77 $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  78 $fact->description_file($desc);
  79
  80 ok $fact->isa('Bio::Tools::Run::TribeMCL');
  81 $bequiet =1 ;
  82 $fact->quiet($bequiet);
  83
  84 ($fam) = $fact->run($sio);
  85 ok $fam->isa("Bio::Cluster::SequenceFamily");
  86 ok $members[0]->isa("Bio::Seq");
  87 ok ($members[0]->id, 'ENSANGP00000008485');
  88 ok ($members[1]->id, 'ENSDRMP3263');
  89 ok ($members[2]->id, 'ENSMUSP00000026170');
  90 ok ($fam->description,'ubiquitin');
  91 ok ($fam->annotation_score,45.0549450549451);
  92 ok ($fam->size,91);
  93
  94 @params=('inputtype'=>'pairs',I=>'3.0');
  95 $fact = Bio::Tools::Run::TribeMCL->new(@params);
  96 ok $fact->isa('Bio::Tools::Run::TribeMCL');
  97 $bequiet =1 ;
  98 $fact->quiet($bequiet);
  99
 100 ($fam) = $fact->run( [[qw(ENSP00000257547 ENSP00000261659 1 50)],
 101                     [qw(O42187 ENSP00000257547 1 119)]]);
 102 @members = $fam->get_members;
 103 ok ($members[0]->id, 'ENSP00000257547');
 104 ok ($members[1]->id, 'ENSP00000261659');
 105 ok ($members[2]->id, 'O42187');