t/Sim4.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 23);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4');
  10     use_ok('Bio::SimpleAlign');
  11     use_ok('Bio::AlignIO');
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = -1;
  16
  17 my $cdna = test_input_file("sim4_cdna.fa");
  18 my $genomic = test_input_file("sim4_genomic.fa");
  19 my @params = (W=>15,K=>17,D=>10,N=>10,cdna_seq=>$cdna,genomic_seq=>$genomic);
  20 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
  21
  22 SKIP: {
  23     test_skip(-requires_executable => $factory,
  24               -tests => 19);
  25     isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4';
  26     my $bequiet = 1;
  27     $factory->quiet($bequiet);  # Suppress clustal messages to terminal
  28
  29     #test by having inputs in constructor
  30     my @exon_set = $factory->align;
  31
  32     my @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  33     is $exons[0]->start, 26;
  34     is $exons[0]->end, 268;
  35     is $exons[0]->strand, 1;
  36
  37
  38     my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna,-format=>"fasta");
  39     my $sio2 = Bio::SeqIO->new(-file=>$genomic,-format=>"fasta");
  40
  41     #test with 2 seq objs
  42     my @cdna_seq;
  43     while(my $seq = $sio->next_seq){
  44         push @cdna_seq,$seq;
  45     }
  46     my @genomic_seq;
  47     while(my $seq = $sio2->next_seq){
  48         push @genomic_seq,$seq;
  49     }
  50
  51     @exon_set = $factory->align($cdna_seq[0],$genomic_seq[0]);
  52
  53     @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  54     is $exons[0]->start, 26;
  55     is $exons[0]->end, 268;
  56     is $exons[0]->strand, 1;
  57
  58     #test with cdna database as file
  59
  60     my $db =  test_input_file("sim4_database.fa");
  61     @params = (W=>15,K=>17,D=>10,N=>10,cdna_seq=>$db,genomic_seq=>$genomic);
  62     $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
  63
  64     @exon_set = $factory->align();
  65     @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  66     is $exons[0]->start, 26;
  67     is $exons[0]->end, 268;
  68     is $exons[0]->strand, 1;
  69
  70     @exons = $exon_set[1]->sub_SeqFeature;
  71     is $exons[0]->start, 26;
  72     is $exons[0]->end, 268;
  73     is $exons[0]->strand, 1;
  74
  75
  76     #test with cdna database as object
  77
  78     $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$db,-format=>"fasta");
  79     @cdna_seq=();
  80     while(my $seq = $sio->next_seq){
  81         push @cdna_seq,$seq;
  82     }
  83
  84     $factory->align(\@cdna_seq,$genomic);
  85
  86     @exon_set = $factory->align();
  87     @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  88     is $exons[0]->start, 26;
  89     is $exons[0]->end, 268;
  90     is $exons[0]->strand, 1;
  91
  92     @exons = $exon_set[1]->sub_SeqFeature;
  93     is $exons[0]->start, 26;
  94     is $exons[0]->end, 268;
  95     is $exons[0]->strand, 1;
  96 }