t/Tools/Run/RemoteBlast_rpsblast.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 #       $Id$
   3
   4 # malcolm_cook@stowers.org: this test is in a separate file from
   5 # RemoteBlast.t (on which it is modelled) since there is some sort of
   6 # side-effecting between the multiple remote blasts that is causing
   7 # this test to fail, if it comes last, or the other test to fail, if
   8 # this one comes first.  THIS IS A BUG EITHER IN REMOTE BLAST OR MY
   9 # UNDERSTANDING, i.e. of how to initialize it.
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14     use lib '.';
  15     use Bio::Root::Test;
  16
  17     test_begin(-tests => 7,
  18                -requires_modules => [qw(IO::String LWP LWP::UserAgent)],
  19                -requires_networking => 1);
  20
  21     use_ok('Bio::Tools::Run::RemoteBlast');
  22 }
  23
  24 my $v = test_debug();
  25 my $inputfilename = test_input_file('ecolitst.fa');
  26 ok( -e $inputfilename);
  27
  28 my $remote_rpsblast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new
  29   ('-verbose'    => test_debug(),
  30    '-prog'       => 'blastp',
  31    '-data'       => 'cdsearch/cdd',
  32    '-readmethod' => 'blasttable',
  33    '-expect'     => '1e-10',
  34   );
  35
  36 $remote_rpsblast->retrieve_parameter('ALIGNMENT_VIEW', 'Tabular');
  37
  38 # This is the key to getting job run using rpsblast:
  39 $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'SERVICE'} = 'rpsblast';
  40
  41 my $attempt = 1;
  42
  43 SKIP: {
  44     my $status;
  45     eval{
  46         $status = $remote_rpsblast->submit_blast($inputfilename);
  47     };
  48
  49     ok($status,'rpsblast blasttable submitted');
  50
  51     skip("Error accessing remote BLAST interface: $@", 3) if $@;
  52
  53     my @rids = $remote_rpsblast->each_rid;
  54     is(@rids, 1, 'should only be one RID');
  55     skip("Wrong number of RIDs: ".scalar(@rids), 2) if @rids != 1;
  56
  57     print STDERR "waiting [$rids[0]]..." if( $v > 0 );
  58     my $rc;
  59     while (defined($rc = $remote_rpsblast->retrieve_blast($rids[0]))) {
  60         if ( !ref($rc) ) {
  61             if ( $rc < 0 ) {
  62                 skip("need a better solution for when 'Server failed to return any data'",2);
  63             }
  64             sleep 5;
  65             print STDERR "Retrieval attempt: $attempt\n" if ( $v > 0 );
  66             $attempt++ < 10 ? next : last;
  67         } else {
  68             last
  69         }
  70     }
  71     $remote_rpsblast->remove_rid($rids[0]);
  72
  73     if ($rc) {
  74         ok(1,'retrieve_blast succeeded');
  75         $remote_rpsblast->remove_rid($rids[0]);
  76         my $count = 0;
  77         isa_ok($rc, 'Bio::SearchIO');
  78         while (my $result = $rc->next_result) {
  79             while ( my $hit = $result->next_hit ) {
  80                 $count++;
  81                 next unless ( $v > 0);
  82                 print "sbjct name is ", $hit->name, "\n";
  83                 while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  84                     print "score is ", $hsp->bits, "\n";
  85                 }
  86             }
  87         }
  88         cmp_ok($count, '>=', 45, 'HSPs returned');
  89     } elsif ($attempt > 10) {
  90         # have a test fail here (there should not be repeated failed attempts to
  91         # get reports)
  92
  93         ok(0,'Exceeded maximum attempts on server to retrieve report');
  94         skip("Timeout, did not return report after ".($attempt - 1)." attempts", 2);
  95     } else {
  96         # have a test fail here (whatever is returned should be eval as true and
  97         # be a SearchIO)
  98
  99         ok(0,"Other problem on remote server, no report returned: $rc");
 100         skip('Possible remote server problems', 1);
 101     }
 102 }
 103
 104 # To be a good citizen, we should restore the default NCBI service
 105 # ('plain') for future tests
 106 $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'SERVICE'} = 'plain';