Tcoffee --> MAFFT, version stuff removed, allow percent ID to waver a little
[bioperl-run.git] / README
blobac37bbe5c1364444e5f29c792afce73915c28402
1 $Id$
4 o Version
6  This is Bioperl-run version 1.2.2., a stable bug fix release
8 o Description 
9  
10  bioperl-run contain modules that provides a PERL interface to various
11  bioinformatics applications. This allows various applications to be
12  used with common bioperl objects.
14  See the Changes file for more information about what is contained in
15  here.
18 o Installation
20  You need to have the core bioperl installation before using
21  bioperl-run. Select a bioperl distribution with the same release
22  version.
24  The installation of this package is identical to the core bioperl
25  install.
27  Essentially
29    % perl Makefile.PL
30    % make
32    % make test (some tests may not succeed if you do not have the
33                 necessary programs or env variables defined)
34    % su
35    # make install
38 o Environmental variables
40  Some important environment variables you need to be aware of.
42  Variable               Values     Comment
43  --------------------------------------------------------------------
44  PHYLIPVERSION          3.5, 3.6   If you want to run Phylip3.6 you 
45                                    Need to set this env variable to 3.6
47  BLASTDIR               DIR PATH   Point to the directory where BLAST 
48                                    is installed
50  GENSCAN_DIR            DIR PATH   Point to the directory where 
51                                     HumanIso.smat file is installed
53  EPONINEDIR             DIR PATH   Point to the directory where 
54                                     eponine_scan.jar is installed