t/Probcons.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5 use vars qw($NUMTESTS);
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12
  13     $NUMTESTS = 9;
  14     plan tests => $NUMTESTS;
  15 }
  16
  17 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  18
  19 use Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons;
  20 use Bio::AlignIO;
  21 use Bio::SeqIO;
  22 use Bio::Root::IO;
  23
  24 END {
  25     for ( $Test::ntest..$NUMTESTS ) {
  26         skip("Probcons program not found. Skipping.\n",1);
  27     }
  28 }
  29
  30 ok(1);
  31
  32 my @params = ();
  33 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons->new(@params);
  34 my $inputfilename = Bio::Root::IO->catfile("t","data","cysprot.fa");
  35 my $aln;
  36
  37 my $present = $factory->executable();
  38 unless ($present && -e $present ) {
  39     warn "probcons program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS.\n";
  40     exit(0);
  41 }
  42 my $version = $factory->version;
  43 ok ($version >= 1.09, 1, "Code tested only on probcons versions > 1.09" );
  44 $aln = $factory->align($inputfilename);
  45 ok($aln);
  46 ok( $aln->no_sequences, 7);
  47
  48 my $str = Bio::SeqIO->new('-file' =>
  49                           Bio::Root::IO->catfile("t","data","cysprot.fa"),
  50                           '-format' => 'Fasta');
  51 my @seq_array =();
  52
  53 while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  54     push (@seq_array, $seq) ;
  55 }
  56
  57 my $seq_array_ref = \@seq_array;
  58
  59 $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  60 ok $aln->no_sequences, 7;
  61 my $s1_avg_perid = $aln->average_percentage_identity;
  62 ok(int($s1_avg_perid), 43);
  63 my $s1_ovl_perid = $aln->overall_percentage_identity;
  64 ok(int($s1_ovl_perid), 15);
  65
  66 my ($tfhparams,$paramsfilename) = $factory->io->tempfile(-dir=>$factory->tempdir);
  67 my ($tfhannot,$annotfilename) = $factory->io->tempfile(-dir=>$factory->tempdir);
  68 my ($tfhdummy,$dummyfilename) = $factory->io->tempfile(-dir=>$factory->tempdir);
  69 my $factory2 = new Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons
  70     (
  71      'iterative-refinement'  => '1000',
  72      'consistency'   => '5',
  73      'emissions' => '',
  74      'verbose' => '',
  75      'train'   => $paramsfilename,
  76     );
  77 $factory2->outfile_name($paramsfilename);
  78
  79 my $probcons_present = $factory->executable();
  80 unless ($probcons_present) {
  81     warn "probcons program not found.\n";
  82     exit(0);
  83 }
  84
  85 my $aln2 = $factory2->align($seq_array_ref);
  86 $aln2 = '';
  87 $factory2 = '';
  88
  89 $factory2 = new Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons
  90     (
  91      'iterative-refinement'  => '1000',
  92      'consistency'   => '5',
  93      'verbose' => '',
  94      'annot'   => $annotfilename,
  95      'paramfile'   => $paramsfilename,
  96     );
  97 $factory->outfile_name($dummyfilename);
  98 $aln2 = $factory2->align($seq_array_ref);
  99 my $s2_avg_perid = $aln2->average_percentage_identity;
 100 my $s2_ovl_perid = $aln2->overall_percentage_identity;
 101 ok(int($s2_avg_perid), 42);
 102 ok(int($s2_ovl_perid), 16);
 103 close($tfhparams);
 104 undef $tfhparams;
 105 close($tfhannot);
 106 undef $tfhannot;
 107 close($tfhdummy);
 108 undef $tfhdummy;