t/Molphy.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS);
  11
  12 my $error;
  13 my $serror;
  14
  15 BEGIN {
  16     # to handle systems with no installed Test module
  17     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  18     # as a fallback
  19     eval { require Test; };
  20     if( $@ ) {
  21         use lib 't';
  22     }
  23     use Test;
  24
  25     $NUMTESTS = 7;
  26     plan tests => $NUMTESTS;
  27
  28     unless (eval "require IO::String; 1;") {
  29             print STDERR ("IO::String not installed. Skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS.\n");
  30             for ($Test::ntest..$NUMTESTS){
  31                 skip(1,1);
  32             }
  33             exit(0);
  34     }
  35 }
  36
  37 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  38
  39 END { unlink('protml.eps'); }
  40 ## End of black magic.
  41 ##
  42 ## Insert additional test code below but remember to change
  43 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  44 ## total number of tests that will be run.
  45
  46 use Bio::Tools::Phylo::Molphy; # PAML parser
  47 use Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML;
  48 use Bio::AlignIO;
  49
  50 END {
  51     for ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  52         skip("Molphy not found. Skipping.",1);
  53     }
  54 }
  55
  56
  57 my %args = ( 'models' => 'jtt',
  58              'search' => 'quick',
  59              "other" => [ '-information', '-w']);
  60 my $protml = new Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML(-verbose => $verbose,
  61                                                         -flags => \%args);
  62 unless ($protml->executable){
  63   warn("Molphy package not installed. Skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS.\n");
  64 exit(0) ;
  65 }
  66
  67 my $in = new Bio::AlignIO(-format => 'clustalw',
  68                           -file   => Bio::Root::IO->catfile('t','data',
  69                                                             'cel-cbr-fam.aln'));
  70 my $aln = $in->next_aln;
  71 $protml->alignment($aln);
  72
  73 my ($rc,$results) = $protml->run();
  74 ok($rc,1);
  75 my $r = $results->next_result;
  76 ok($r);
  77 my @trees;
  78 while( my $t = $r->next_tree ) {
  79     push @trees, $t;
  80 }
  81 ok(@trees,1);
  82 ok($r->model, 'JTT');
  83 ok($r->search_space,50);
  84 ok($trees[0]->score, -453.1);
  85 ok($protml->error_string !~ /Error/); # we don't expect any errors;
  86