t/EMBOSS.t

   1
   2 # -*-Perl-*-
   3 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   4 ## $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($error $NTESTS);
  11 BEGIN {
  12     $error = 0;
  13     # to handle systems with no installed Test module
  14     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  15     # as a fallback
  16     eval { require Test; };
  17     if( $@ ) {
  18         use lib 't';
  19     }
  20     use Test;
  21     $NTESTS = 30;
  22     plan tests => $NTESTS;
  23     eval {
  24      require XML::Twig;
  25      require Bio::EMBOSS::Factory;
  26     };
  27     if( $@ ) {
  28      $error = 1;
  29     }
  30  }
  31
  32 use Bio::Root::IO;
  33 use Bio::SeqIO;
  34 use Bio::AlignIO;
  35 my $compseqoutfile = 'dna1.4.compseq';
  36 my $wateroutfile   = 'cysprot.water';
  37 my $consoutfile    = 'cysprot.cons';
  38 END {
  39     foreach ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  40         skip("EMBOSS not installed locally or XML::Twig not installed",1);
  41     }
  42     unlink($compseqoutfile);
  43     unlink($wateroutfile);
  44     unlink($consoutfile);
  45 }
  46 exit(0) if $error;
  47 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || -1;
  48 ok(1);
  49
  50 ## End of black magic.
  51 ##
  52 ## Insert additional test code below but remember to change
  53 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  54 ## total number of tests that will be run.
  55
  56 my $factory = new Bio::Factory::EMBOSS(-verbose => $verbose);
  57 ok($factory);
  58 my $compseqapp = $factory->program('compseq');
  59 exit if( $compseqapp->executable ) ;
  60
  61 my $version = $factory->version;
  62
  63 if( ! $compseqapp ) {
  64     # no EMBOSS installed
  65     exit(0);
  66 }
  67
  68 ok($compseqapp);
  69 my %input = ( '-word' => 4,
  70               '-sequence' => Bio::Root::IO->catfile('t',
  71                                                    'data',
  72                                                    'dna1.fa'),
  73               '-outfile' => $compseqoutfile);
  74 $compseqapp->run(\%input);
  75 ok(-e $compseqoutfile);
  76 #if( open(IN, $compseqoutfile) ) {
  77 #    while(<IN>) { print }
  78 #}
  79
  80 my $water = $factory->program('water');
  81
  82 ok ($water);
  83
  84 # testing in-memory use of
  85 my $in = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta',
  86                         -file =>  Bio::Root::IO->catfile('t',
  87                                                          'data',
  88                                                          'cysprot1a.fa'));
  89 my $seq = $in->next_seq();
  90 ok($seq);
  91 my @amino;
  92 $in = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta',
  93                      -file =>  Bio::Root::IO->catfile('t',
  94                                                       'data',
  95                                                       'amino.fa'));
  96 while( my $s = $in->next_seq) {
  97     push @amino, $s;
  98 }
  99
 100 my %expected;
 101 if( $version ge '2.8.0' ) {
 102     $water->run({ '-asequence' => $seq,
 103                   '-bsequence'    => \@amino,
 104                   '-gapopen'   => '10.0',
 105                   '-gapextend' => '0.5',
 106                   '-outfile'   => $wateroutfile});
 107     %expected = ( 'alnlen' => 394,
 108                   'opid'    => '30.71',
 109                   'apid'    => '40.20');
 110
 111 } else {
 112     $water->run({ '-sequencea' => $seq,
 113                   '-seqall'    => \@amino,
 114                   '-gapopen'   => '10.0',
 115                   '-gapextend' => '0.5',
 116                   '-outfile'   => $wateroutfile});
 117     %expected = ( 'alnlen' => 339,
 118                   'opid'    => '33.04',
 119                   'apid'    => '40.58');
 120
 121 }
 122 ok(-e $wateroutfile);
 123
 124 my $alnin = new Bio::AlignIO(-format => 'emboss',
 125                             -file   => $wateroutfile);
 126
 127 ok( $alnin);
 128 my $aln = $alnin->next_aln;
 129 ok($aln);
 130 ok($aln->length, 43);
 131 ok($aln->overall_percentage_identity, 100);
 132 ok($aln->average_percentage_identity, 100);
 133
 134 my ($first) = $aln->each_seq();
 135 ok($first->seq(), 'SCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGE');
 136 $aln = $alnin->next_aln;
 137 ok($aln);
 138
 139 ok($aln->length, $expected{'alnlen'});
 140 ok(sprintf("%.2f",$aln->overall_percentage_identity), $expected{'opid'});
 141 ok(sprintf("%.2f",$aln->average_percentage_identity), $expected{'apid'});
 142
 143
 144 my $cons = $factory->program('cons');
 145 $cons->verbose(0);
 146 $in = new Bio::AlignIO(-format => 'msf',
 147                        -file   => Bio::Root::IO->catfile('t',
 148                                                          'data',
 149                                                          'cysprot.msf'));
 150 my $aln2 = $in->next_aln;
 151 if( $version ge '2.8.0' ) {
 152     $cons->run({ '-sequence' => $aln2,
 153                  '-outseq'   => $consoutfile});
 154 } else {
 155     $cons->run({ '-msf'   => $aln2,
 156                  '-outseq'=> $consoutfile});
 157 }
 158 ok(-e $consoutfile);
 159
 160
 161 # testing acd parsing and EMBOSSacd methods
 162
 163 $compseqapp = $factory->program('compseq');
 164
 165 exit unless $compseqapp->acd;
 166 ok my $acd = $compseqapp->acd;
 167 ok $compseqapp->acd->name, 'compseq';
 168 ok my $compseq_mand_acd = $compseqapp->acd->mandatory;
 169 ok $compseq_mand_acd->mandatory->qualifier('-word');
 170 ok $compseq_mand_acd->mandatory->qualifier('-supper1'), 0;
 171 ok $acd->qualifier('-ppppppp'), 0;
 172 ok $acd->qualifier('-reverse');
 173 ok $acd->category('-reverse'), 'optional';
 174 ok $acd->values('-reverse'), qr/Yes\/No/;
 175 ok $acd->descr('-reverse'), 'Set this to be true if you also wish to also count words in the reverse complement of a nucleic sequence.';
 176 ok $acd->unnamed('-reverse'), 0;
 177 ok $acd->default('-reverse'), 'No';
 178
 179 ## comparing input and ACD qualifiers
 180 ## commented out because verbose > 1 prints error messages
 181 ## that would confuse users running tests
 182 #
 183 #$compseqapp->verbose(1);
 184 #%input = ( '-word' => 4,
 185 #          '-outfile' => $compseqoutfile);
 186 #eval {
 187 #    my $a = $compseqapp->run(\%input);
 188 #};
 189 #ok 1 if $@; # '-sequence' missing
 190 #
 191 #%input = ( '-word' => 4,
 192 #          '-incorrect_option' => 'no value',
 193 #          '-sequence' => Bio::Root::IO->catfile('t',
 194 #                                                'data',
 195 #                                                'dna1.fa'),
 196 #          '-outfile' => $compseqoutfile);
 197 #eval {
 198 #    $compseqapp->run(\%input);
 199 #};
 200 #ok 1 if $@; # -incorrect_option is incorrect