t/Analysis_soap.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl Analysis_soap.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS);
  11 use lib '..','./blib/lib';
  12 use Data::Dumper;
  13 my $error;
  14
  15 BEGIN {
  16     # to handle systems with no installed Test module
  17     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  18     # as a fallback
  19     eval { require Test; };
  20     $error = 0;
  21     if( $@ ) {
  22         use lib 't';
  23     }
  24     use Test;
  25     $NUMTESTS = 17;
  26     plan tests => $NUMTESTS;
  27 }
  28
  29 my $testnum;
  30 my $verbose = 0;
  31
  32 ## End of black magic.
  33 ##
  34 ## Insert additional test code below but remember to change
  35 ## the 'plan tests =>...' in the BEGIN block to reflect the
  36 ## total number of tests that will be run.
  37
  38 my $serror = 0;
  39
  40 my $format = ($ENV{'TEST_DETAILS'} ? '%-40s' : '');
  41
  42 # check 'use ...'
  43 eval { require Bio::Tools::Run::Analysis };
  44 print sprintf ($format, 'use Bio::Tools::Run::Analysis '); ok (%Bio::Tools::Run::Analysis::);
  45 &print_error;
  46
  47 # TBD:
  48 # Here I should add some tests for the various methods doing just
  49 # data conversions...
  50
  51 # the rest makes sense only with SOAP::Lite installed
  52 unless (eval "require SOAP::Lite; 1;") {
  53     print STDERR "SOAP::Lite not installed. Skipping some tests.\n";
  54     $serror = 1;
  55 }
  56 if ($serror) {
  57     foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  58         skip (1,1);
  59     }
  60     exit (0);
  61 }
  62
  63 # check 'new with a default access...'
  64 my $seqret;
  65 #eval { $seqret = new Bio::Tools::Run::Analysis (-name => 'edit.seqret'); };
  66 $seqret = new Bio::Tools::Run::Analysis (-name => 'edit.seqret');
  67 print sprintf ($format, 'new ...Analysis (-name=>seqret) '); skip ($serror, defined $seqret);
  68 &print_error;
  69
  70 # the rest makes sense only if an Analysis object was created
  71 unless ($seqret) {
  72     foreach ($Test::ntest..$NUMTESTS) {
  73         skip (1,1);
  74     }
  75     exit (0);
  76 }
  77
  78
  79 # check if the remote service is accessible
  80 print sprintf ($format, 'checking service availability ');
  81 eval { $seqret->analysis_name };
  82 if ($@) {
  83     print STDERR "Warning: Couldn't connect to $$seqret{'_location'}.\n" . $@;
  84     foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  85         skip ('skip (probably) because of no network access',1);
  86     }
  87     exit(0);
  88 } else {
  89     ok (1);
  90 }
  91
  92 # some testing data (for seqret)
  93 my $seq = 'tatacga';
  94 my %inputs = ('sequence_direct_data' => $seq,
  95               'osformat'             => 'raw',
  96               );
  97
  98 # check using a real service
  99 print sprintf ($format, 'calling "analysis_name" ');
 100 skip ($serror, eval { 'seqret' eq $seqret->analysis_name });
 101 &print_error;
 102
 103 print sprintf ($format, 'calling "analysis_spec" ');
 104 skip ($serror, eval { ref ($seqret->analysis_spec) eq 'HASH' });
 105 &print_error;
 106
 107 my $spec;
 108 print sprintf ($format, 'calling "input_spec" ');
 109 eval { $spec = $seqret->input_spec };
 110 skip ($serror, ref ($spec) eq 'ARRAY' && @$spec > 0 && ref ($$spec[0]) eq 'HASH');
 111 &print_error;
 112
 113 print sprintf ($format, 'calling "result_spec" ');
 114 eval { $spec = $seqret->result_spec };
 115 skip ($serror, ref ($spec) eq 'ARRAY' && @$spec > 0 && ref ($$spec[0]) eq 'HASH');
 116 &print_error;
 117
 118 print sprintf ($format, 'calling "describe" ');
 119 skip ($serror, eval { $seqret->describe =~ /^<\?xml / });
 120 &print_error;
 121
 122 my $job;
 123 print sprintf ($format, 'calling "create_job" ');
 124 eval { $job = $seqret->create_job (\%inputs) };
 125 skip ($serror, ref ($job) =~ /^Bio::Tools::Run::Analysis::Job/);
 126 &print_error;
 127
 128 my $next_dependent_tests = 4;
 129 if ($job) {
 130     print sprintf ($format, 'calling "job->status" ');
 131     skip ($serror, eval { $job->status eq 'CREATED' });
 132     &print_error;
 133
 134     my $clone_job;
 135     eval { $clone_job = $seqret->create_job ($job->{'_id'}) };
 136     print sprintf ($format, 'cloning job ');
 137     skip ($serror, ref ($clone_job) =~ /^Bio::Tools::Run::Analysis::Job/);
 138     &print_error;
 139
 140     $next_dependent_tests = 2;
 141     if ($clone_job) {
 142         print sprintf ($format, 'calling "new_job->last_event" ');
 143         skip ($serror, eval { $clone_job->last_event =~ /^<\?xml / });
 144         &print_error;
 145
 146         print sprintf ($format, 'calling "new_job->remove" ');
 147         eval { $clone_job->remove };
 148         skip ($serror, $clone_job->{'_destroy_on_exit'} == 1);
 149         &print_error;
 150     } else {
 151         &skip_tests ($next_dependent_tests);
 152     }
 153 } else {
 154     &skip_tests ($next_dependent_tests);
 155 }
 156
 157 #my $empty_job;
 158 #eval { $empty_job = $seqret->create_job() };
 159 #print sprintf ($format, 'creating an empty job ');
 160 #skip ($serror, ref ($empty_job) =~ /^Bio::Tools::Run::Analysis::Job/);
 161 #&print_error;
 162
 163 #$next_dependent_tests = 1;
 164 #if ($empty_job) {
 165
 166 ##    TBD (should be mentioned in TODO)
 167 ##    print sprintf ($format, 'calling "empty_job->status" ');
 168 ##    skip ($serror, eval { $empty_job->status eq 'CREATED' });
 169 ##    &print_error;
 170
 171 #    print sprintf ($format, 'calling "empty_job->remove" ');
 172 #    eval { $empty_job->remove };
 173 #    skip ($serror, $empty_job->{'_destroy_on_exit'} == 1);
 174 #    &print_error;
 175 #} else {
 176 #    &skip_tests ($next_dependent_tests);
 177 #}
 178
 179 print sprintf ($format, 'calling "wait_for" ');
 180 eval { $job = $seqret->wait_for (\%inputs) };
 181 skip ($serror, ref ($job) =~ /^Bio::Tools::Run::Analysis::Job/);
 182 &print_error;
 183
 184 $next_dependent_tests = 3;
 185 if ($job) {
 186
 187         # repeated calls to results() retrieves empty hashes;
 188         # cache hash ref in a variable
 189         my $results = $job->results;
 190
 191     print sprintf ($format, 'checking "detailed_status" ');
 192     skip ($serror, eval { $results->{'detailed_status'} == 0 });
 193     &print_error;
 194
 195     print sprintf ($format, 'checking "report" ');
 196     skip ($serror, eval { $results->{'report'} =~ /successfully/i });
 197     &print_error;
 198
 199     print sprintf ($format, 'checking "outseq" ');
 200     skip ($serror, eval { $results->{'outseq'} =~ /^$seq$/ });
 201     &print_error;
 202
 203 } else {
 204     &skip_tests ($next_dependent_tests);
 205 }
 206
 207
 208
 209 # skip the next $count tests
 210 sub skip_tests {
 211     my ($count) = @_;
 212     my $msg = "skip because of failure in test " . ($Test::ntest - 1);
 213     foreach ( $Test::ntest..($Test::ntest + $count - 1)) {
 214         skip ($msg,1);
 215     }
 216 }
 217
 218 # print an error on stderr if there is an error and TEST_DETAILS is on
 219 sub print_error {
 220     print STDERR $@ if $@ && $ENV{'TEST_DETAILS'};
 221 }
 222
 223 __END__