README

   1 $Id$
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   4 o Version
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   6  This is Bioperl-run version 1.5.1, a developer release, please insure that you have bioperl core 1.5.1 or later
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   8 o Description
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  10  bioperl-run contain modules that provides a PERL interface to various
  11  bioinformatics applications. This allows various applications to be
  12  used with common bioperl objects.
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  14  See the Changes file for more information about what is contained in
  15  here.
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  18 o Installation
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  20  You need to have the core bioperl installation before using
  21  bioperl-run. Select a bioperl distribution with the same release
  22  version.
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  24  The installation of this package is identical to the core bioperl
  25  install.
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  27  Essentially
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  29    % perl Makefile.PL
  30    % make
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  32    % make test (some tests may not succeed if you do not have the
  33                 necessary programs or env variables defined)
  34    % su
  35    # make install
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  38 o Environmental variables
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  40  Some important environment variables you need to be aware of.
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  42  Variable               Values     Comment
  43  --------------------------------------------------------------------
  44  PHYLIPVERSION          3.5, 3.6   If you want to run Phylip3.6 you
  45                                    Need to set this env variable to 3.6
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  47  BLASTDIR               DIR PATH   Point to the directory where BLAST
  48                                    is installed
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  50  GENSCAN_DIR            DIR PATH   Point to the directory where
  51                                     HumanIso.smat file is installed
  52
  53  EPONINEDIR             DIR PATH   Point to the directory where
  54                                     eponine_scan.jar is installed
  55  PAMLDIR                DIR PATH   Point to directory where PAML is
  56                                     installed.
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