Makefile.PL

   1 ## --Makefile.PL for Bioperl-pipeline distribution--##
   2 ## ----------------------------------------------------##
   3 ## $Id$
   4 ##----------------------------------------------------
   5
   6 #
   7 # Basically this is a standard Makefile with a hash of
   8 # needed packages which are tested at the start
   9 #
  10 # If you want help with this Makefile get in touch with
  11 # the developers by sending a message to bioperl-l@bioperl.org.
  12 require 5.005;
  13 use ExtUtils::MakeMaker;
  14
  15
  16
  17 # All Bioperl dependencies on external modules are defined here
  18 %packages = (
  19              'IO::String'               => '0.0/IO handle to read or write to a string/GenBank+GenPept sequence retrieval, Variation code/Bio::DB::*,Bio::Variation::*,Bio::Tools::Blast::Run::Webblast, Bio::Index::Blast',
  20              'File::Temp'               => '0.0/Temporary File creation/Bio::Root::IO uses if present/Bio::DB::WebDBSeqI, Bio::Seq::LargePrimarySeq',
  21              'XML::Parser::PerlSAX'          => '0.0/XML SAX parser/Pise Applications/Pise::Job',
  22              'HTML::Parser'     => '0.0/HTML Parser/Pise Applications/Pise::Job');
  23
  24 sub check_package {
  25     my ($name,$str) = @_;
  26     my ($ver,$desc,$expl,$module) = split( /\// , $str);
  27     if( !eval "require($name)") {
  28         print "External Module $name, $desc,\n is not installed on this computer.\n  The $module in bioperl-run  needs it for $expl\n\n";
  29         return 1;
  30     }
  31
  32     return 0;
  33 }
  34
  35 #
  36 # Generate sub testing package system
  37 #
  38 #
  39
  40 # make mini test targets for playing around with
  41 # in testing...
  42
  43 opendir(DIR,"t") || warn "No test directory. Weird!";
  44 @files = readdir(DIR);
  45 shift @files;
  46 shift @files;
  47 foreach my $file (@files) {
  48     $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  49     $file = $1;
  50     $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' t/$file.t\n";
  51     push(@tline,$line);
  52     push(@targets,$file);
  53     $tset  .= "$file \\\n";
  54 }
  55
  56 $tline = join('',@tline);
  57 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
  58
  59 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
  60
  61 sub MY::postamble {
  62              $tline;
  63 }
  64
  65 #
  66 # Talk to Elia Stupka (<elia@fugu-sg.org>) or bioperl-l@bioperl.org for more info.
  67 #
  68
  69 # Let the code begin...
  70
  71 my $NAME     = 'Bio';
  72 my $DISTNAME = "bioperl-run";
  73 my $VERSION  = "1.00";
  74
  75 my $proceed = prompt("Do you want to run the Pise tests (requires a network connection) y/n",'n');
  76 if( $proceed =~ /^[yY]/) {
  77     my $address = prompt("Enter your email address (no default)",'');
  78
  79     if (open T,">t/pise-email.test") {
  80 print T "$address\n";
  81 close T;
  82     } else { warn("Cannot open file t/pise-email.test for writing - no Pise tests will be run"); }
  83 } else {
  84     if( -e "t/pise-email.test" ) {
  85 unlink "t/pise-email.test";
  86     }
  87 }
  88 #$do_autoload_finesse = 0;
  89 #$NAME     = 'Bio';
  90 #$DISTNAME = "GFD";
  91 #$VERSION  = "1.00";
  92
  93 $error = 0;
  94 print "\n";
  95 foreach $name ( keys %packages ) {
  96     if( &check_package($name,$packages{$name}) == 1 ) {
  97         $error = 1;
  98     }
  99 }
 100
 101 if( $error == 1 ) {
 102     print <<QQ_ERROR_QQ;
 103
 104 Warning:
 105
 106    There are some external packages and perl modules, listed above, which
 107    bioperl-run uses. This only effects the functionality which is listed above:
 108 the rest of bioperl will work fine.
 109
 110    The installation of these external packages is very simple. You
 111    can read more about bioperl external dependencies at
 112
 113    http://bioperl.org/Core/external.shtml
 114
 115    Enjoy the rest of bioperl, which you can use after going 'make install'
 116
 117 QQ_ERROR_QQ
 118 }
 119
 120 WriteMakefile(
 121     NAME        => $NAME,
 122     DISTNAME    => $DISTNAME,
 123     VERSION     => $VERSION,
 124     'dist'      => {  COMPRESS     => 'gzip -9f',
 125                       SUFFIX       => '.gz',
 126                       DIST_DEFAULT => 'all tardist',
 127                    },
 128     ($] ge '5.005')  ? (
 129         'AUTHOR' => 'FuguI Team (fugui@fugu-sg.org)',
 130         'ABSTRACT' => 'Generic Feature Database',
 131         ) : (),
 132      'realclean'  => {  FILES        => join(' ',@BACKUP_FILES) }
 133 );
 134
 135
 136
 137