t/EMBOSS.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 # Before `./Build install' is performed this script should be runnable with
   5 # `./Build test'. After `./Build install' it should work as `perl test.t'
   6
   7 use strict;
   8
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(
  12         -tests            => 31,
  13         -requires_modules => [qw(XML::Twig)]
  14     );
  15     use_ok('Bio::Root::IO');
  16     use_ok('Bio::SeqIO');
  17     use_ok('Bio::AlignIO');
  18     use_ok('Bio::Factory::EMBOSS');
  19 }
  20
  21 my $compseqoutfile = test_output_file();
  22 my $wateroutfile   = test_output_file();
  23 my $consoutfile    = test_output_file();
  24 my $verbose        = test_debug();
  25
  26 ## End of black magic.
  27 ##
  28 ## Insert additional test code below but remember to change
  29 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  30 ## total number of tests that will be run.
  31
  32 my $factory = Bio::Factory::EMBOSS->new();
  33 ok($factory);
  34
  35 SKIP: {
  36     my $compseqapp = $factory->program('compseq');
  37
  38     $factory->verbose($verbose);
  39
  40     skip( 'EMBOSS not installed', 26 ) if ! $compseqapp;
  41
  42     my $version = $factory->version;
  43
  44     my %input = (
  45         -word     => 4,
  46         -sequence => test_input_file('dna1.fa'),
  47         -outfile  => $compseqoutfile
  48     );
  49     $compseqapp->run( \%input );
  50     ok( -e $compseqoutfile );
  51
  52     my $water = $factory->program('water');
  53     ok($water);
  54
  55     # testing in-memory use of
  56     my $in = Bio::SeqIO->new(
  57         -format => 'fasta',
  58         -file   => test_input_file('cysprot1a.fa')
  59     );
  60     my $seq = $in->next_seq();
  61
  62     my @amino;
  63     $in = Bio::SeqIO->new(
  64         -format => 'fasta',
  65         -file   => test_input_file('amino.fa')
  66     );
  67     while ( my $s = $in->next_seq ) {
  68         push @amino, $s;
  69     }
  70
  71     my %expected;
  72     if ( $version ge '2.8.0' ) {
  73         $water->run(
  74             {   -asequence => $seq,
  75                 -bsequence => \@amino,
  76                 -gapopen   => '10.0',
  77                 -gapextend => '0.5',
  78                 -outfile   => $wateroutfile
  79             }
  80         );
  81         %expected = (
  82             'alnlen' => 394,
  83             'opid'   => '30.71',
  84             'apid'   => '40.20'
  85         );
  86
  87     } else {
  88         $water->run(
  89             {   -sequencea => $seq,
  90                 -seqall    => \@amino,
  91                 -gapopen   => '10.0',
  92                 -gapextend => '0.5',
  93                 -outfile   => $wateroutfile
  94             }
  95         );
  96         %expected = (
  97             'alnlen' => 339,
  98             'opid'   => '33.04',
  99             'apid'   => '40.58'
 100         );
 101
 102     }
 103     ok( -e $wateroutfile );
 104
 105     my $alnin = Bio::AlignIO->new(
 106         -format => 'emboss',
 107         -file   => $wateroutfile
 108     );
 109
 110     ok($alnin);
 111     my $aln = $alnin->next_aln;
 112     ok($aln);
 113     is( $aln->length,                      43 );
 114     is( $aln->overall_percentage_identity, 100 );
 115     is( $aln->average_percentage_identity, 100 );
 116
 117     my ($first) = $aln->each_seq();
 118     ok( $first->seq(), 'SCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGE' );
 119     $aln = $alnin->next_aln;
 120     ok($aln);
 121
 122     is( $aln->length, $expected{'alnlen'} );
 123     is( sprintf( "%.2f", $aln->overall_percentage_identity ),
 124         $expected{'opid'} );
 125     is( sprintf( "%.2f", $aln->average_percentage_identity ),
 126         $expected{'apid'} );
 127
 128     my $cons = $factory->program('cons');
 129     $cons->verbose(0);
 130     $in = Bio::AlignIO->new(
 131         -format => 'msf',
 132         -file   => test_input_file('cysprot.msf')
 133     );
 134     my $aln2 = $in->next_aln;
 135     if ( $version ge '2.8.0' ) {
 136         $cons->run(
 137             {   -sequence => $aln2,
 138                 -outseq   => $consoutfile
 139             }
 140         );
 141     } else {
 142         $cons->run(
 143             {   -msf    => $aln2,
 144                 -outseq => $consoutfile
 145             }
 146         );
 147     }
 148     ok( -e $consoutfile );
 149
 150     # testing acd parsing and EMBOSSacd methods
 151
 152     $compseqapp = $factory->program('compseq');
 153
 154     ok my $acd = $compseqapp->acd;
 155     is $compseqapp->acd->name, 'compseq';
 156     ok my $compseq_mand_acd = $compseqapp->acd->mandatory;
 157     ok $compseq_mand_acd->mandatory->qualifier('-word');
 158     is $compseq_mand_acd->mandatory->qualifier('-supper1'), 0;
 159     is $acd->qualifier('-ppppppp'), 0;
 160     ok $acd->qualifier('-reverse');
 161     is $acd->category('-reverse'),  'optional';
 162     like $acd->values('-reverse'),  qr/(?:Yes\/No|true)/;
 163     like $acd->descr('-reverse'),   qr/(?:boolean|true)/;
 164     is $acd->unnamed('-reverse'),   0;
 165     like $acd->default('-reverse'), qr/(?:Yes\/No|true)/;
 166 }
 167
 168 __END__
 169
 170 ## comparing input and ACD qualifiers
 171 ## commented out because verbose > 1 prints error messages
 172 ## that would confuse users running tests
 173
 174 $compseqapp->verbose(1);
 175 %input = ( '-word' => 4,
 176        '-outfile' => $compseqoutfile);
 177 eval {
 178     my $a = $compseqapp->run(\%input);
 179 };
 180 ok 1 if $@; # '-sequence' missing
 181
 182  %input = ( '-word' => 4,
 183        '-incorrect_option' => 'no value',
 184        '-sequence' => test_input_file('dna1.fa'),
 185        '-outfile' => $compseqoutfile);
 186 eval {
 187     $compseqapp->run(\%input);
 188 };
 189 ok 1 if $@; # -incorrect_option is incorrect