t/PhastCons.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     eval {require Test::More;};
   8     if ($@) {
   9         use lib 't/lib';
  10     }
  11     use Test::More;
  12
  13     plan tests => 181;
  14
  15     use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons');
  16     use_ok('Bio::AlignIO');
  17     use_ok('Bio::TreeIO');
  18     use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
  19 }
  20
  21 END {
  22     for my $filename (qw(nodes parents id2names names2id)) {
  23         unlink File::Spec->catfile('t','data','taxdump', $filename);
  24     }
  25 }
  26
  27 # setup input files etc
  28 my $alignfilename = File::Spec->catfile("t", "data", "apes.multi_fasta");
  29 my $treefilename = File::Spec->catfile("t", "data", "apes.newick");
  30 ok (-e $alignfilename, 'Found input alignment file');
  31 ok (-e $treefilename, 'Found input tree file');
  32
  33 my $factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons->new(-verbose => -1,
  34                                                             -quiet => 1,
  35                                                             '-expected-length' => 3,
  36                                                             Target_coverage => 0.286,
  37                                                             '--rho' => 0.01);
  38 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons');
  39 ok $factory->can('ignore_missing'), 'has a created method not in args';
  40 is $factory->expected_length, 3, 'dashed parameter with internal dash was set';
  41 ok ! $factory->can('Target_coverage'), "wrong-case method wasn't created";
  42 is $factory->target_coverage, 0.286, 'dashless wrong-case parameter was set';
  43 is $factory->C, 0.286, 'synonym installed and accessed primary value';
  44 is $factory->rho, 0.01, 'double-dashed parameter was set';
  45
  46 # test default factory values
  47 is ($factory->program_dir, $ENV{'PHASTDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  48 is ($factory->program_name(), 'phastCons', 'Correct exe default name');
  49
  50 # test the program itself
  51 SKIP: {
  52     skip("Couldn't find the phastCons executable", 166) unless defined $factory->executable();
  53
  54     # using filename input
  55     ok my @result1 = $factory->run($alignfilename, $treefilename), 'got results using filename input';
  56
  57     # using SimpleAlign and Bio::Tree::Tree input
  58     my $alignio = Bio::AlignIO->new(-file => $alignfilename);
  59     my $aln = $alignio->next_aln;
  60     $aln->id('apes');
  61     my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => -1, -file => $treefilename);
  62     my $tree = $treeio->next_tree;
  63     ok my @result2 = $factory->run($aln, $tree), 'got results using object input';
  64
  65     # using database to generate species tree
  66     my $tdb = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'flatfile',
  67         -directory => File::Spec->catdir ('t','data','taxdump'),
  68         -nodesfile => File::Spec->catfile('t','data','taxdump','nodes.dmp'),
  69         -namesfile => File::Spec->catfile('t','data','taxdump','names.dmp'));
  70     ok my @result3 = $factory->run($aln, $tdb), 'got results using db input';
  71
  72     is_deeply \@result1, \@result2, 'results same for file and object input';
  73     is_deeply \@result1, \@result3, 'results same for file and db input';
  74
  75     # test the results
  76     my @apes = qw(human chimpanzee Cross_river_gorilla orangutan common_gibbon crested_gibbon siamang mountain_gorilla Hoolock_gibbon silvery_gibbon);
  77     is @result1, 20, 'correct number of results';
  78     foreach my $expected (['apes.1', 10, 14], ['apes.2', 26, 30]) {
  79         foreach my $i (0..9) {
  80             my $feat = shift(@result1);
  81             isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  82             is $feat->seq_id, $apes[$i], 'correct seq_id';
  83             is $feat->source, 'phastCons', 'correct source';
  84             is ${[$feat->annotation->get_Annotations('Name')]}[0], ${$expected}[0], 'correct feature name';
  85             is $feat->start, ${$expected}[1], 'correct feature start';
  86             is $feat->end, ${$expected}[2], 'correct feature end';
  87             is $feat->score, 6, 'correct feature score';
  88             is $feat->strand, 1, 'correct feature strand';
  89         }
  90     }
  91 }