t/Match.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 7);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Match');
  10 }
  11
  12 # setup input files etc
  13 my $seq_file = test_input_file('fasta.fa');
  14 my $mxlib = test_input_file('transfac.dat');
  15
  16 my $factory = Bio::Tools::Run::Match->new(-quiet => 1,
  17                                           -mxlib => $mxlib);
  18
  19 isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Match');
  20 is $factory->mxlib, $mxlib, 'mxlib parameter was set';
  21
  22 # test default factory values
  23 is ($factory->program_dir, $ENV{'MATCHDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  24 is ($factory->program_name(), 'match', 'Correct exe default name');
  25
  26 # test the program itself
  27 SKIP: {
  28     test_skip(-tests => 2,
  29                           -requires_executable => $factory);
  30
  31         use_ok('Bio::SeqIO');
  32         my $si = Bio::SeqIO->new(-file => $seq_file, -format => 'fasta');
  33         my $seq = $si->next_seq;
  34
  35         my @results = $factory->run($seq);
  36         is @results, 246;
  37 }