t/Consense.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9     test_begin(-tests => 9,
  10                            -requires_module => 'IO::String');
  11         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense');
  12         use_ok('Bio::AlignIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $sb_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense->new(-verbose => $verbose);
  18
  19 SKIP: {
  20         test_skip(-requires_executable => $sb_factory,
  21              -tests => 7);
  22
  23         isa_ok($sb_factory,'Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense');
  24
  25         $sb_factory->rooted(1);
  26
  27         is $sb_factory->rooted, 1, "coludn't set rooted option";
  28
  29         $sb_factory->quiet($verbose);  # Suppress protpars messages to terminal
  30
  31         my $inputfilename = test_input_file("consense.treefile");
  32         my $tree = $sb_factory->run($inputfilename);
  33
  34         is $tree->number_nodes, 13;
  35
  36         my $node = $tree->find_node('CATH_RAT');
  37         is $node->branch_length, "10.0";
  38         is $node->id, 'CATH_RAT';
  39
  40         my @nodes = $tree->get_nodes;
  41
  42         is scalar(@nodes),13;
  43 }