t/SeqBoot.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 use vars qw($DEBUG);
   7 $DEBUG = test_debug();
   8
   9 BEGIN {
  10     use Bio::Root::Test;
  11     test_begin(-tests => 9);
  12         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot');
  13         use_ok('Bio::AlignIO');
  14 }
  15 my $verbose = $DEBUG;
  16 my @params = ('-verbose'  => $verbose,
  17               'idlength'  =>30,
  18               'datatype'  =>'GENEFREQ',
  19               'REPLICATES'=>50);
  20
  21 my $sb_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot->new(@params);
  22
  23 SKIP: {
  24     test_skip(-requires_executable => $sb_factory,
  25               -tests => 7);
  26         isa_ok $sb_factory,'Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot';
  27
  28         my $dt= 'SEQUENCE';
  29         $sb_factory->datatype($dt);
  30
  31         is $sb_factory->datatype, "SEQUENCE", "couldn't set datatype parameter";
  32
  33         $sb_factory->replicates(2);
  34
  35         is $sb_factory->replicates, 2, "coludn't set number of replicates";
  36
  37
  38         my $bequiet = $verbose > 0 ? 0 : 1;
  39
  40         $sb_factory->quiet($bequiet);  # Suppress protpars messages to terminal
  41
  42         my $inputfilename = test_input_file("protpars.phy");
  43
  44         my $aln_ref = $sb_factory->run($inputfilename);
  45
  46         is scalar(@{$aln_ref}), 2;
  47
  48         my $aln = Bio::AlignIO->new(-file=>$inputfilename, -format=>"phylip")->next_aln;
  49
  50         $aln_ref = $sb_factory->run($aln);
  51
  52         is scalar(@{$aln_ref}), 2;
  53
  54         # Test name preservation and restoration:
  55         $inputfilename = test_input_file("longnames.aln");
  56         $aln = Bio::AlignIO->new(-file=>$inputfilename, -format=>'clustalw')->next_aln;
  57         my ($aln_safe, $ref_name) =$aln->set_displayname_safe();
  58         $aln_ref = $sb_factory->run($aln_safe);
  59         my $first=shift @{$aln_ref};
  60         is $first->get_seq_by_pos(3)->id(), "S000000003", "ailed to  assign serial names";
  61         my $aln_restored=$first->restore_displayname($ref_name);
  62         is $aln_restored->get_seq_by_pos(3)->id(), "Smik_Contig1103.1", "fail to restore original names";
  63
  64 }