t/Kalign.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 8);
   8         use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign');
   9         use_ok('Bio::AlignIO');
  10         use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  14
  15 my @params = ();
  16 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign->new(@params);
  17 my $inputfilename = test_input_file("cysprot.fa");
  18 my $aln;
  19
  20 SKIP: {
  21         test_skip(-requires_executable => $factory, -tests => 5);
  22         my $version = $factory->version;
  23         is($version >= 2, 1, "Code tested only on kalign versions >= 2" );
  24         $aln = $factory->align($inputfilename);
  25         ok($aln);
  26         is( $aln->num_sequences, 7);
  27
  28         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file("cysprot.fa"),
  29                                   '-format' => 'Fasta');
  30         my @seq_array =();
  31
  32         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  33                 push (@seq_array, $seq) ;
  34         }
  35
  36         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  37
  38         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  39         is $aln->num_sequences, 7;
  40         my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  41         is(int($s1_perid), 42);
  42 }
  43