t/MSAProbs.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 19);
   9         use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::MSAProbs');
  10         use_ok('Bio::Tools::GuessSeqFormat');
  11         use_ok('Bio::AlignIO');
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13         use_ok('Bio::Root::IO');
  14         use_ok('POSIX');
  15 }
  16
  17 END {
  18         unlink('muscle.log', 'muscle.out');
  19         unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd);
  20 }
  21
  22 my @params = ('quiet' => 1);
  23 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::MSAProbs->new(@params);
  24 is($factory->quiet, 1);
  25 my $inputfilename = test_input_file("cysprot.fa");
  26 my $aln;
  27
  28 SKIP: {
  29         test_skip(-requires_executable => $factory,
  30                           -tests => 12);
  31         my $version = $factory->version;
  32         unless ($version >= 0.94) {
  33                 skip("Only muscle version 0.9.4 or higher is supported by these tests. Skipping tests", 7);
  34                 exit(0);
  35         }
  36         cmp_ok ($version, '>=', 0.94, "Code tested only on msaprobs versions > 0.9.4" );
  37         $aln = $factory->align($inputfilename);
  38         ok($aln);
  39         is( $aln->num_sequences, 7);
  40
  41         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' =>
  42                                   test_input_file("cysprot.fa"),
  43                                   '-format' => 'Fasta');
  44         my @seq_array =();
  45
  46         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  47                 push (@seq_array, $seq) ;
  48         }
  49
  50         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  51
  52         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  53         is $aln->num_sequences, 7;
  54         my $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  55         is($s1_perid == 43, 1);
  56
  57         my $annotfile = test_output_file();
  58         my $outfile = test_output_file();
  59         # add some more params
  60         @params = ('-quiet'           => 1,
  61                        '-verbose'         => 0,
  62                    '-outfile'         => $outfile,
  63                        '-iterations'      => 5,
  64                        '-clustalw'        => 1,
  65                        '-consistency'     => 2,
  66                        '-alignment_order' => 1,
  67                        '-annot_file'      => $annotfile,
  68
  69                    );
  70         $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::MSAProbs->new(@params);
  71         my @methods = qw(quiet verbose outfile iterations clustalw consistency
  72                          alignment_order annot_file version num_threads);
  73         can_ok($factory, @methods);
  74         is($factory->annot_file, $annotfile,'annotation file');
  75         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  76         is $aln->num_sequences, 7;
  77         $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  78         is($s1_perid == 43, 1 );
  79
  80         my $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(-file => $outfile);
  81         my $type = $guesser->guess;
  82         is($type, 'clustalw', "Expected output is clustalw formatted");
  83         $inputfilename = test_input_file("cysprot1a.fa");
  84         $aln = $factory->align($inputfilename);
  85         is $aln->num_sequences, 3;
  86         $s1_perid = POSIX::ceil($aln->average_percentage_identity);
  87
  88         is($s1_perid == 42, 1 );
  89 }