t/LVB.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use vars qw($DEBUG );
   5 $DEBUG = test_debug();
   6
   7 use strict;
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 19);
  11         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::LVB');
  12         use_ok('Bio::AlignIO');
  13 }
  14
  15 my $tree_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::LVB->new();
  16 isa_ok $tree_factory, 'Bio::Tools::Run::Phylo::LVB';
  17
  18 SKIP: {
  19         test_skip(-requires_executable => $tree_factory,
  20                           -tests => 16);
  21
  22         my $default_format = "interleaved";
  23         my $format = $tree_factory->format;
  24         is $format, $default_format, "default is wrong for format parameter";
  25         $format = "sequential";
  26         $tree_factory->format($format);
  27         my $new_format = $tree_factory->format();
  28         is $new_format, $format, "couldn't set format parameter";
  29         $format = "interleaved";
  30         $tree_factory->format($format);
  31         $new_format = $tree_factory->format();
  32         is $new_format, $format, "couldn't reset format parameter";
  33
  34         my $default_gaps = "unknown";
  35         my $gaps = $tree_factory->gaps;
  36         is $gaps, $default_gaps, "default is wrong for gaps parameter";
  37         $gaps = "fifthstate";
  38         $tree_factory->gaps($gaps);
  39         my $new_gaps = $tree_factory->gaps();
  40         is $new_gaps, $gaps, "couldn't set gaps parameter";
  41         $gaps = "unknown";
  42         $tree_factory->gaps($gaps);
  43         $new_gaps = $tree_factory->gaps();
  44         is $new_gaps, $gaps, "couldn't reset gaps parameter";
  45
  46         my $default_seed = "";
  47         my $seed = $tree_factory->seed;
  48         is $seed, $default_seed, "default is wrong for seed parameter";
  49         $seed = "96901";
  50         $tree_factory->seed($seed);
  51         my $new_seed = $tree_factory->seed();
  52         is $new_seed, $seed, "couldn't set seed parameter";
  53
  54         my $default_duration = "slow";
  55         my $duration = $tree_factory->duration;
  56         is $duration, $default_duration, "default is wrong for duration parameter";
  57         $duration = "fast";
  58         $tree_factory->duration($duration);
  59         my $new_duration = $tree_factory->duration();
  60         is $new_duration, $duration, "couldn't set duration parameter";
  61         $duration = "slow";
  62         $tree_factory->duration($duration);
  63         $new_duration = $tree_factory->duration();
  64         is $new_duration, $duration, "couldn't reset duration parameter";
  65
  66         my $default_bootstraps = 0;
  67         my $bootstraps = $tree_factory->bootstraps;
  68         is $bootstraps, $default_bootstraps, "default is wrong for bootstraps parameter";
  69         $bootstraps = "10000";
  70         $tree_factory->bootstraps($bootstraps);
  71         my $new_bootstraps = $tree_factory->bootstraps();
  72         is $new_bootstraps, $bootstraps, "couldn't set bootstraps parameter";
  73         $bootstraps = 0;
  74         $tree_factory->bootstraps($bootstraps);
  75         $new_bootstraps = $tree_factory->bootstraps();
  76         $new_bootstraps = $tree_factory->bootstraps();
  77         is $new_bootstraps, $bootstraps, "couldn't reset seed parameter";
  78
  79         my $bequiet = 1;
  80         $tree_factory->quiet($bequiet);  # Suppress LVB messages to terminal
  81
  82         my @trees;
  83
  84         # TEST 17
  85         $tree_factory->format("sequential");
  86         my $inputfilename = test_input_file("lvb_sequential.phy");
  87         @trees = $tree_factory->create_tree($inputfilename);
  88         is scalar(@trees), 3, "create_tree failed to create array of trees from file";
  89
  90         # TEST 18
  91         $inputfilename = test_input_file("lvb.fa");
  92         my $align_in = Bio::AlignIO->new(-file => $inputfilename, -format => "fasta");
  93         my $align_obj = $align_in->next_aln;
  94         @trees = $tree_factory->run($align_obj);
  95         is scalar(@trees), 3, "run failed to create array of trees from object";
  96
  97         $tree_factory->gaps("fifthstate");
  98         @trees = $tree_factory->run($align_obj);
  99         is scalar(@trees), 1, "run failed to create tree with fifthstate on";
 100
 101         $tree_factory->bootstraps(7);
 102         @trees = $tree_factory->run($align_obj);
 103         my $enough_trees = "no";
 104         $enough_trees = "yes" if scalar(@trees) >= 7;
 105         is $enough_trees, "yes", "run failed to create enough bootstrap trees";
 106 }