t/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 12);
   9         use_ok('Bio::Tools::Run::RepeatMasker');
  10         use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 my $inputfilename= test_input_file('repeatmasker.fa');
  14 my $createdfile = test_output_file();
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17 my @params=("species" => "mammal", 'noint' => 1, 'qq' => 1, '-verbose' => $verbose);
  18 my $fact = Bio::Tools::Run::RepeatMasker->new(@params);
  19 $fact->quiet(1);
  20
  21 SKIP: {
  22     test_skip(-requires_executable => $fact,
  23               -tests => 10);
  24
  25         is ($fact->species, 'mammal');
  26         is ($fact->noint,1);
  27
  28         my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $inputfilename , '-format' => 'fasta');
  29         my $seq = $in->next_seq();
  30         my @feats = $fact->mask($seq);
  31
  32         my $version = $fact->version;
  33
  34         is ($feats[0]->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  35         is ($feats[0]->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  36         is ($feats[0]->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  37
  38         if( $version =~ /open-(\S+)/) {
  39                 my $num = $1;
  40                 if( $num ge '3.1.0' ) {
  41                 is ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  42                 is ($feats[0]->feature1->end, 1411);
  43                 is ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  44                 is ($feats[1]->feature1->start, 1710);
  45                 is ($feats[1]->feature1->end, 2052);
  46                 } elsif( $num ge  '3.0.8' ) {
  47                 is ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  48                 is ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  49                 is ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  50                 is ($feats[1]->feature1->start, 1712);
  51                 is ($feats[1]->feature1->end, 2225);
  52                 } else {
  53                 skip("unknown RepeatMasker Version, cannot test",1) for ( 1..3);
  54                 }
  55         } else {
  56                 is ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  57                 is ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  58                 is ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  59         }
  60
  61 }