t/FootPrinter.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 24);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::FootPrinter');
  10     use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 SKIP: {
  14     my $treefile = test_input_file("tree_of_life");
  15
  16     my @params = (
  17                   'size'=>10,
  18                   'sequence_type'=>'upstream',
  19                   'subregion_size'=>30,
  20                   'position_change_cost'=>5,
  21                   'triplet_filtering'=>1,
  22                   'pair_filtering'=>1,
  23                   'post_filtering'=>1,
  24                   'inversion_cost'=>1,
  25                   'tree'   =>$treefile,
  26                   'details'=>0,
  27                   'verbose'=>0);
  28
  29     my $fact = Bio::Tools::Run::FootPrinter->new(@params);
  30     test_skip(-requires_executable => $fact, -tests => 22);
  31
  32     is $fact->size, 10;
  33     is $fact->sequence_type, 'upstream';
  34     is $fact->subregion_size, 30;
  35     is $fact->position_change_cost, 5;
  36     is $fact->triplet_filtering,1;
  37     is $fact->pair_filtering,1;
  38     is $fact->post_filtering,1;
  39     is $fact->inversion_cost,1;
  40     is $fact->tree, $treefile;
  41
  42     my $input= test_input_file("FootPrinter.seq.fa");
  43
  44     my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$input" , '-format' => 'fasta');
  45     my @seq;
  46     while (my $seq = $in->next_seq){
  47       push @seq, $seq; # 6 sequences
  48     }
  49     my @fp= $fact->run(@seq);
  50     is @fp, 6;
  51
  52     my $first = shift @fp;
  53
  54     my @motifs = $first->sub_SeqFeature;
  55     if (@motifs == 2) {
  56         # older version of FootPrinter? or version 2.1 is buggy with its silly first
  57         # motif of 1 bp below
  58         is $motifs[0]->seq_id,'TETRAODON-motif1';
  59         is $motifs[0]->seq->seq, 'tacaggatgca';
  60         is $motifs[0]->start, 352;
  61         is $motifs[0]->end, 362;
  62         is $motifs[1]->seq_id,'TETRAODON-motif2';
  63         is $motifs[1]->seq->seq, 'ccatatttgga';
  64         is $motifs[1]->start, 363;
  65         is $motifs[1]->end, 373;
  66         ok 1 for 1..4;
  67     }
  68     elsif (@motifs == 3) {
  69         is $motifs[0]->seq_id,'TETRAODON-motif1';
  70         is $motifs[0]->seq->seq, 't';
  71         is $motifs[0]->start, 352;
  72         is $motifs[0]->end, 352;
  73         is $motifs[1]->seq_id,'TETRAODON-motif2';
  74         is $motifs[1]->seq->seq, 'acaggatgca';
  75         is $motifs[1]->start, 353;
  76         is $motifs[1]->end, 362;
  77         is $motifs[2]->seq_id,'TETRAODON-motif3';
  78         is $motifs[2]->seq->seq, 'ccatatttgga';
  79         is $motifs[2]->start, 363;
  80         is $motifs[2]->end, 373;
  81     }
  82 }