README

   1 $Id$
   2
   3 This is where modules which wrap around running various applications
   4 are stored.  See the Changes file for more information about what is
   5 contained in here.  The installation of this package is identical to
   6 the core bioperl install.
   7
   8 Essentially
   9
  10    % perl Makefile.PL
  11    % make
  12    % make test (some tests may not succeed if you do not have the necessary
  13                 programs or env variables defined)
  14    % su
  15    # make install
  16
  17
  18 Some important environment variables you need to be aware of.
  19
  20 Variable                Values     Comment
  21 PHYLIPVERSION           3.5, 3.6   If you want to run Phylip3.6 you
  22                                    need to set this env variable to 3.6
  23 BLASTDIR                DIR PATH   Point to the directory where BLAST
  24                                    is installed
  25 GENSCAN_DIR             DIR PATH  Point to the directory where HumanIso.smat file
  26                                   is installed
  27 EPONINEDIR              DIR PATH  Point to the directory where eponine_scan.jar is installed
  28