Matthew's Changes committed: Add support to save_output. Add fix to put
[bioperl-run.git] / Changes
blob3466b94dd8e1a5a054ad49886ab14c7a79ba614e
1 $Id$
2 Revision history for Bioperl run modules
4 0.01 Initial release
6      o Package is broken off from bioperl-live to support just
7        runnable wrapper modules.
9      o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
10      
11      o Support for Molphy protml, nucml to come
13      o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
14        bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and 
15        rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
16        equivalent.
18      o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
19      
20      o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
21      
22      o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
23        queue.
25      o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.