Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for bioperl-run modules
   3
   4 Full details of changes between all versions are available online at:
   5 http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
   6
   7 1.6.0 Release
   8
   9    o All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the
  10      new bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and
  11      has been replaced by Mobyle.  They have been retained as one can still
  12      install a Pise server, and as these modules can possibly be used to create
  13      a new BioPerl API for Mobyle.
  14
  15 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  16
  17    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  18
  19 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  20
  21    o First major release in a while, so lots of things in this release
  22
  23    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  24      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  25      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  26      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  27      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  28
  29    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  30
  31    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  32      argument validation.
  33
  34    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  35      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  36
  37
  38 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  39
  40     o Soaplab
  41       - API changes
  42       - binary input added
  43
  44     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  45       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  46       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  47         and SEE ALSO parts.
  48       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  49         can be set by the client.
  50       - remote parameter to -location to conform to
  51         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  52       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  53
  54     o Bio::Tools::Run::Eponine
  55       - More standardized way of running
  56
  57     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  58       - Write the files properly
  59       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  60
  61     o Bio::Tools::Run::Genewise
  62       - more options
  63
  64     o Bio::Tools::Run::Genscan
  65       - doc fix
  66
  67     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  68       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  69
  70     o Bio::Tools::Run::Mdust
  71       - new location
  72       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
  73       - use Bio::Root::IO to build up paths
  74       - Modified documentation to conform to bioperl format
  75
  76     o Bio::Tools::Run::Signalp
  77       - uniform sequence truncation lenght
  78
  79     o Bio::Tools::Run::Vista
  80       - new module
  81       - Support more options
  82       - More documentation
  83       - fix reverse sequence bug
  84
  85     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
  86       - Allow more than one alignment
  87
  88     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
  89       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
  90
  91     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
  92       - moved from Bio::Tools::Run name space
  93       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
  94         properly closed, etc
  95
  96     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
  97       - program name included
  98       - small fixes and addition of options
  99       - added the right credits.
 100       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 101       - Quiet declaration warnings
 102
 103
 104 1.2  Developer release
 105
 106     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 107       applications
 108
 109     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 110       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 111       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 112
 113     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 114
 115     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 116
 117     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 118
 119 0.01 Initial release
 120
 121     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 122       runnable wrapper modules.
 123
 124     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 125
 126     o Support for Molphy protml, nucml to come
 127
 128     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 129       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 130       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 131       equivalent.
 132
 133     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 134
 135     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 136
 137     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 138       queue.
 139
 140     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 141
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