Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for bioperl-run modules
   3
   4 Full details of changes between all versions are available online at:
   5 http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
   6
   7 1.6.900
   8
   9 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  10 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  11   that use it [fangly, maj]
  12 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  13   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  14 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  15   [cjfields]
  16 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  17 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  18   versions deprecated) [cjfields]
  19 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  20 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  21
  22 1.6.0 Release
  23
  24 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  25   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  26   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  27   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  28   for Mobyle.
  29
  30 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  31
  32 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  33
  34 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  35
  36    o First major release in a while, so lots of things in this release
  37
  38    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  39      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  40      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  41      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  42      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  43
  44    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  45
  46    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  47      argument validation.
  48
  49    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  50      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  51
  52
  53 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  54
  55     o Soaplab
  56       - API changes
  57       - binary input added
  58
  59     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  60       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  61       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  62         and SEE ALSO parts.
  63       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  64         can be set by the client.
  65       - remote parameter to -location to conform to
  66         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  67       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  68
  69     o Bio::Tools::Run::Eponine
  70       - More standardized way of running
  71
  72     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  73       - Write the files properly
  74       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  75
  76     o Bio::Tools::Run::Genewise
  77       - more options
  78
  79     o Bio::Tools::Run::Genscan
  80       - doc fix
  81
  82     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  83       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  84
  85     o Bio::Tools::Run::Mdust
  86       - new location
  87       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
  88       - use Bio::Root::IO to build up paths
  89       - Modified documentation to conform to bioperl format
  90
  91     o Bio::Tools::Run::Signalp
  92       - uniform sequence truncation lenght
  93
  94     o Bio::Tools::Run::Vista
  95       - new module
  96       - Support more options
  97       - More documentation
  98       - fix reverse sequence bug
  99
 100     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 101       - Allow more than one alignment
 102
 103     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 104       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 105
 106     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 107       - moved from Bio::Tools::Run name space
 108       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 109         properly closed, etc
 110
 111     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 112       - program name included
 113       - small fixes and addition of options
 114       - added the right credits.
 115       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 116       - Quiet declaration warnings
 117
 118
 119 1.2  Developer release
 120
 121     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 122       applications
 123
 124     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 125       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 126       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 127
 128     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 129
 130     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 131
 132     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 133
 134 0.01 Initial release
 135
 136     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 137       runnable wrapper modules.
 138
 139     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 140
 141     o Support for Molphy protml, nucml to come
 142
 143     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 144       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 145       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 146       equivalent.
 147
 148     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 149
 150     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 151
 152     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 153       queue.
 154
 155     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 156
 157