t/DBA.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 18);
   9     use_ok('Bio::Tools::Run::Alignment::DBA');
  10     use_ok('Bio::SimpleAlign');
  11     use_ok('Bio::AlignIO');
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = -1;
  16 my @params = ('matchA' => 0.75, 'matchB' => '0.55','dymem'=>'linear');
  17 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::DBA->new(@params);
  18
  19 SKIP: {
  20     test_skip(-requires_executable => $factory,
  21               -tests => 14);
  22
  23     isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::DBA';
  24     my $bequiet = 1;
  25     $factory->quiet($bequiet);  # Suppress clustal messages to terminal
  26
  27     #test with one file with 2 sequences
  28     my $inputfilename_1a = test_input_file("dba1a.fa");
  29     my $inputfilename_1b = test_input_file("dba1b.fa");
  30     my $inputfilename2 = test_input_file("dba2.fa");
  31     my $aln;
  32     my @hsps = $factory->align($inputfilename2);
  33     isa_ok($hsps[0],"Bio::Search::HSP::GenericHSP");
  34     is($hsps[0]->query->start,4);
  35     is($hsps[0]->query->end,209);
  36     is($hsps[0]->gaps,6);
  37
  38     #test with 2 files of 1 sequence each
  39     my @files = ($inputfilename_1a,$inputfilename_1b);
  40     @hsps = $factory->align(\@files);
  41     is($hsps[0]->query->start,3);
  42     is($hsps[0]->query->end,88);
  43     is($hsps[0]->gaps,0);
  44     is($hsps[1]->hit->start,90);
  45     is($hsps[1]->hit->end,195);
  46     is($hsps[1]->gaps,0);
  47
  48     #test with an array of 2 PrimarySeqI objects
  49
  50     my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file("dba2.fa"), '-format' => 'Fasta');
  51     my @seq_array =();
  52
  53     while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  54       push (@seq_array, $seq) ;
  55     }
  56     @hsps = $factory->align(\@seq_array);
  57     is($hsps[0]->query->start,4);
  58     is($hsps[0]->query->end,209);
  59     is($hsps[0]->gaps,6);
  60 }