Makefile.PL

   1 ## --Makefile.PL for Bioperl-pipeline distribution--##
   2 ## ----------------------------------------------------##
   3 ## $Id$
   4 ##----------------------------------------------------
   5
   6 #
   7 # Basically this is a standard Makefile with a hash of
   8 # needed packages which are tested at the start
   9 #
  10 # If you want help with this Makefile get in touch with
  11 # the developers by sending a message to bioperl-l@bioperl.org.
  12 require 5.005;
  13 use ExtUtils::MakeMaker;
  14
  15
  16
  17 # All Bioperl dependencies on external modules are defined here
  18 %packages = (
  19              'IO::String'               => '0.0/IO handle to read or write to a string/GenBank+GenPept sequence retrieval, Variation code/Bio::DB::*,Bio::Variation::*,Bio::Tools::Blast::Run::Webblast, Bio::Index::Blast',
  20              'File::Temp'               => '0.0/Temporary File creation/Bio::Root::IO uses if present/Bio::DB::WebDBSeqI, Bio::Seq::LargePrimarySeq',
  21              );
  22
  23 sub check_package {
  24     my ($name,$str) = @_;
  25     my ($ver,$desc,$expl,$module) = split( /\// , $str);
  26     if( !eval "require($name)") {
  27         print "External Module $name, $desc,\n is not installed on this computer.\n  The $module in bioperl-pipeline needs it for $expl\n\n";
  28         return 1;
  29     }
  30
  31     return 0;
  32 }
  33
  34 #
  35 # Generate sub testing package system
  36 #
  37 #
  38
  39 # make mini test targets for playing around with
  40 # in testing...
  41
  42 opendir(DIR,"t") || warn "No test directory. Weird!";
  43 @files = readdir(DIR);
  44 shift @files;
  45 shift @files;
  46 foreach my $file (@files) {
  47     $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  48     $file = $1;
  49     $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' t/$file.t\n";
  50     push(@tline,$line);
  51     push(@targets,$file);
  52     $tset  .= "$file \\\n";
  53 }
  54
  55 $tline = join('',@tline);
  56 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
  57
  58 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
  59
  60 sub MY::postamble {
  61              $tline;
  62 }
  63
  64 #
  65 # Talk to Elia Stupka (<elia@fugu-sg.org>) or bioperl-l@bioperl.org for more info.
  66 #
  67
  68 # Let the code begin...
  69
  70 my $NAME     = 'Bio';
  71 my $DISTNAME = "bioperl-run";
  72 my $VERSION  = "1.00";
  73
  74 my $proceed = prompt("Do you want to run the Pise tests (requires a network connection) y/n",'n');
  75 if( $proceed =~ /^[yY]/) {
  76     my $address = prompt("Enter your email address (devnull\@pasteur.fr is default)",'devnull@pasteur.fr');
  77
  78     if (open T,">t/pise-email.test") {
  79 print T "$address\n";
  80 close T;
  81     } else { warn("Cannot open file t/pise-email.test for writing - no Pise tests will be run"); }
  82 } else {
  83     if( -e "t/pise-email.test" ) {
  84 unlink "t/pise-email.test";
  85     }
  86 }
  87 #$do_autoload_finesse = 0;
  88 #$NAME     = 'Bio';
  89 #$DISTNAME = "GFD";
  90 #$VERSION  = "1.00";
  91
  92 $error = 0;
  93 print "\n";
  94 foreach $name ( keys %packages ) {
  95     if( &check_package($name,$packages{$name}) == 1 ) {
  96         $error = 1;
  97     }
  98 }
  99
 100 if( $error == 1 ) {
 101     print <<QQ_ERROR_QQ;
 102
 103 Warning:
 104
 105    There are some external packages and perl modules, listed above, which
 106    bioperl-pipeline uses. This only effects the functionality which is listed above:
 107 the rest of bioperl will work fine.
 108
 109    The installation of these external packages is very simple. You
 110    can read more about bioperl external dependencies at
 111
 112    http://bioperl.org/Core/external.shtml
 113
 114    Enjoy the rest of bioperl, which you can use after going 'make install'
 115
 116 QQ_ERROR_QQ
 117 }
 118
 119 WriteMakefile(
 120     NAME        => $NAME,
 121     DISTNAME    => $DISTNAME,
 122     VERSION     => $VERSION,
 123     'dist'      => {  COMPRESS     => 'gzip -9f',
 124                       SUFFIX       => '.gz',
 125                       DIST_DEFAULT => 'all tardist',
 126                    },
 127     ($] ge '5.005')  ? (
 128         'AUTHOR' => 'FuguI Team (fugui@fugu-sg.org)',
 129         'ABSTRACT' => 'Generic Feature Database',
 130         ) : (),
 131      'realclean'  => {  FILES        => join(' ',@BACKUP_FILES) }
 132 );
 133
 134
 135
 136