Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for Bioperl run modules
   3
   4 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
   5
   6     o Soaplab
   7       - API changes
   8       - binary input added
   9
  10     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  11       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  12       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  13         and SEE ALSO parts.
  14       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  15         can be set by the client.
  16       - remote parameter to -location to conform to
  17         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  18       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  19
  20     o Bio::Tools::Run::Eponine
  21       - More standardized way of running
  22
  23     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  24       - Write the files properly
  25       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  26
  27     o Bio::Tools::Run::Genewise
  28       - more options
  29
  30     o Bio::Tools::Run::Genscan
  31       - doc fix
  32
  33     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
  34       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
  35
  36     o Bio::Tools::Run::Mdust
  37       - new location
  38       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
  39       - use Bio::Root::IO to build up paths
  40       - Modified documentation to conform to bioperl format
  41
  42     o Bio::Tools::Run::Signalp
  43       - uniform sequence truncation lenght
  44
  45     o Bio::Tools::Run::Vista
  46       - new module
  47       - Support more options
  48       - More documentation
  49       - fix reverse sequence bug
  50
  51     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
  52       - Allow more than one alignment
  53
  54     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
  55       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
  56
  57     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
  58       - moved from Bio::Tools::Run name space
  59       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
  60         properly closed, etc
  61
  62     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
  63       - program name included
  64       - small fixes and addition of options
  65       - added the right credits.
  66       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
  67       - Quiet declaration warnings
  68
  69
  70 1.2  Developer release
  71
  72     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
  73       applications
  74
  75     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
  76       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
  77       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
  78
  79     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
  80
  81     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
  82
  83     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
  84
  85 0.01 Initial release
  86
  87     o Package is broken off from bioperl-live to support just
  88       runnable wrapper modules.
  89
  90     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
  91
  92     o Support for Molphy protml, nucml to come
  93
  94     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
  95       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
  96       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
  97       equivalent.
  98
  99     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 100
 101     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 102
 103     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 104       queue.
 105
 106     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.
 107
 108