Makefile.PL

   1 ## --Makefile.PL for Bioperl-pipeline distribution--##
   2 ## ----------------------------------------------------##
   3 ## $Id$
   4 ##----------------------------------------------------
   5
   6 #
   7 # Basically this is a standard Makefile with a hash of
   8 # needed packages which are tested at the start
   9 #
  10 # If you want help with this Makefile get in touch with
  11 # the developers by sending a message to bioperl-l@bioperl.org.
  12 require 5.005;
  13 use ExtUtils::MakeMaker;
  14
  15
  16
  17 # All Bioperl dependencies on external modules are defined here
  18 %packages = (
  19        'Algorithm::Diff'          =>'0.0/Compute intelligent differences between two files/generating consensus protein family descriptions/TribeMCL',
  20              'IO::String'               => '0.0/IO handle to read or write to a string/GenBank+GenPept sequence retrieval, Variation code/Bio::DB::*,Bio::Variation::*,Bio::Tools::Blast::Run::Webblast, Bio::Index::Blast',
  21              'File::Temp'               => '0.0/Temporary File creation/Bio::Root::IO uses if present/Bio::DB::WebDBSeqI, Bio::Seq::LargePrimarySeq',
  22              'XML::Parser::PerlSAX'          => '0.0/XML SAX parser/Pise Applications/Pise::Job',
  23         'HTML::Parser'  => '0.0/HTML Parser/Pise Applications/Pise::Job');
  24
  25 sub check_package {
  26     my ($name,$str) = @_;
  27     my ($ver,$desc,$expl,$module) = split( /\// , $str);
  28     if( !eval "require($name)") {
  29         print "External Module $name, $desc,\n is not installed on this computer.\n  The $module module in bioperl-run  needs it for $expl\n\n";
  30         return 1;
  31     }
  32
  33     return 0;
  34 }
  35
  36 #
  37 # Generate sub testing package system
  38 #
  39 #
  40
  41 # make mini test targets for playing around with
  42 # in testing...
  43
  44 opendir(DIR,"t") || warn "No test directory. Weird!";
  45 @files = readdir(DIR);
  46 shift @files;
  47 shift @files;
  48 foreach my $file (@files) {
  49     $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  50     $file = $1;
  51     $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' t/$file.t\n";
  52     push(@tline,$line);
  53     push(@targets,$file);
  54     $tset  .= "$file \\\n";
  55 }
  56
  57 $tline = join('',@tline);
  58 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
  59
  60 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
  61
  62 sub MY::postamble {
  63              $tline;
  64 }
  65
  66 #
  67 # Talk to Elia Stupka (<elia@fugu-sg.org>) or bioperl-l@bioperl.org for more info.
  68 #
  69
  70 # Let the code begin...
  71
  72 my $NAME     = 'Bio';
  73 my $DISTNAME = "bioperl-run";
  74 my $VERSION  = "1.2.2";
  75
  76 my $proceed = "n";
  77 if( $proceed =~ /^[yY]/) {
  78     my $address = prompt("Enter your email address (no default)",'');
  79
  80     if (open T,">t/pise-email.test") {
  81 print T "$address\n";
  82 close T;
  83     } else { warn("Cannot open file t/pise-email.test for writing - no Pise tests will be run"); }
  84 } else {
  85     if( -e "t/pise-email.test" ) {
  86 unlink "t/pise-email.test";
  87     }
  88 }
  89 #$do_autoload_finesse = 0;
  90 #$NAME     = 'Bio';
  91 #$DISTNAME = "GFD";
  92 #$VERSION  = "1.00";
  93
  94 $error = 0;
  95 print "\n";
  96 foreach $name ( keys %packages ) {
  97     if( &check_package($name,$packages{$name}) == 1 ) {
  98         $error = 1;
  99     }
 100 }
 101
 102 if( $error == 1 ) {
 103     print <<QQ_ERROR_QQ;
 104
 105 Warning:
 106
 107    There are some external packages and perl modules, listed above, which
 108    bioperl-run uses. This only effects the functionality which is listed above:
 109 the rest of bioperl-run will work fine.
 110
 111    Enjoy the rest of bioperl-run, which you can use after going 'make install'
 112
 113 QQ_ERROR_QQ
 114 }
 115
 116 WriteMakefile(
 117     NAME        => $NAME,
 118     DISTNAME    => $DISTNAME,
 119     VERSION     => $VERSION,
 120     'dist'      => {  COMPRESS     => 'gzip -9f',
 121                       SUFFIX       => '.gz',
 122                       DIST_DEFAULT => 'all tardist',
 123                    },
 124     ($] ge '5.005')  ? (
 125         'AUTHOR' => 'Bioperl Team (bioperl-l@bioperl.org)',
 126         'ABSTRACT' => 'Bioperl wrapper toolkit',
 127         ) : (),
 128      'realclean'  => {  FILES        => join(' ',@BACKUP_FILES) }
 129 );
 130
 131
 132
 133