Changes

   1 Revision history for bioperl-run modules
   2
   3 {{$NEXT}}
   4 * The Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::* modules have been removed and are now
   5   part of the new Bio-Tools-Phylo-PAML distribution.
   6
   7 1.7.001
   8 * Minor release to deal with version indexing
   9
  10 1.7.000
  11
  12 * Bio::Tools::Run::WrapperBase moved from bioperl core to bioperl-run
  13 * Updaed Samtools wrapper, minimal support for samtools > v.1 added [cjfields]
  14 * Minor updates to sync with BioPerl v. 1.7.x release series
  15
  16 1.6.901
  17
  18 * added run support for MSAProbs [Jessen Bredeson]
  19
  20
  21 1.6.900
  22
  23 * Bowtie and BWA wrappers for NGS [maj, Ben Bimber, Dan Kortschak]
  24 * ClustalW v2 support [cjfields]
  25 * tRNAscanSE support [Mark Johnson, cjfields]
  26 * Glimmer v2 updates [Mark Johnson, cjfields]
  27 * PAML codeml wrapper updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
  28 * Phyml updates [hyphaltip]
  29 * Repeatmasker updates [cjfields]
  30 * Initial BLAST+ modules (Bio::Tools::Run::BlastPlus/StandAloneBlastPlus) [maj]
  31 * Improved Bio::Tools::Run::AssemblerBase module and update of the wrappers
  32   that use it [fangly, maj]
  33 * Support for running new de novo and comparative assemblers: 454 Newbler
  34   [fangly], Minimo [fangly], Maq [maj], Samtools [maj], Bowtie [maj]
  35 * [bug 2728] add support to Bio::Tools::Run::Alignment::ClustalW for ClustalW2
  36   [cjfields]
  37 * [RT 50363] make a bit more Windows friendly with file paths
  38 * [bug 2713] - Bio::Tools::Run::Infernal now works with Infernal 1.0 (older
  39   versions deprecated) [cjfields]
  40 * Bio::Tools::Run::Alignment::Gmap added [hartzell]
  41 * [bug 2798] - patch to fix clustalw premature file unlinking error [Wei Zhou]
  42
  43 1.6.0 Release
  44
  45 * All Pise and Pise-related modules and scripts have been moved to the new
  46   bioperl-pise repository. The Pise service is no longer available and has been
  47   replaced by Mobyle. They have been retained as one can still install a Pise
  48   server, and as these modules can possibly be used to create a new BioPerl API
  49   for Mobyle.
  50
  51 1.5.2 Release in sync with bioperl core
  52
  53 * Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  54
  55 1.5.1 Release in sync with bioperl core
  56
  57    o First major release in a while, so lots of things in this release
  58
  59    o PHYLIP wrappers are updated for PHYLIP 3.6, some programs will no
  60      longer work (DrawTree and DrawGram specifically) for 3.5 at ths
  61      point. It will depend on whether or not anyone really wants this
  62      if we'll add in the necessary stuf to support 3.5.  It isn't
  63      hard, just requires some stuff in th PhylipConf.pm modules.
  64
  65    o Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle added
  66
  67    o PAML wrapper for Yn00 and Codeml are more forgiving about the
  68      argument validation.
  69
  70    o Several wrappers updated for newer versions of the programs.
  71      TribeMCL, Genewise, RepeatMasker
  72
  73
  74 1.2.2 Release update in sync with bioperl core
  75
  76     o Soaplab
  77       - API changes
  78       - binary input added
  79
  80     o Pise - changes affecting most Bio::Tools::Run:PiseApplication modules
  81       - Numerous documentation fixes in almost all modules
  82       - Added code in the SYNOPSIS, as well as the FEEDBACK, COPYRIGHT
  83         and SEE ALSO parts.
  84       - the DESCRIPTION section now contains *only* the parameters that
  85         can be set by the client.
  86       - remote parameter to -location to conform to
  87         Bio::Tools::Run::AnalysisFactory interface
  88       - new programs sirna, tranalign, twofeat (from EMBOSS 2.6).
  89
  90     o Bio::Tools::Run::Eponine
  91       - More standardized way of running
  92
  93     o Bio::Tools::Run::FootPrinter
  94       - Write the files properly
  95       - Mark Wagner's enhancements bug #1399
  96
  97     o Bio::Tools::Run::Genewise
  98       - more options
  99
 100     o Bio::Tools::Run::Genscan
 101       - doc fix
 102
 103     o Bio::Tools::Run::Hmmpfam
 104       - Updated to set params properly and return a SearchIO object
 105
 106     o Bio::Tools::Run::Mdust
 107       - new location
 108       - Modified to inherit Bio::Tools::Run::WrapperBase
 109       - use Bio::Root::IO to build up paths
 110       - Modified documentation to conform to bioperl format
 111
 112     o Bio::Tools::Run::Signalp
 113       - uniform sequence truncation lenght
 114
 115     o Bio::Tools::Run::Vista
 116       - new module
 117       - Support more options
 118       - More documentation
 119       - fix reverse sequence bug
 120
 121     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot
 122       - Allow more than one alignment
 123
 124     o Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor
 125       - Check for multiple data sets and set parameter accordingly
 126
 127     o Bio::Tools::Run::Alignment::Blat
 128       - moved from Bio::Tools::Run name space
 129       - some code cleanup to avoid warnings and insure filehandles are
 130         properly closed, etc
 131
 132     o Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan
 133       - program name included
 134       - small fixes and addition of options
 135       - added the right credits.
 136       - Bio::Tools::Run::Alignment::DBA and Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
 137       - Quiet declaration warnings
 138
 139
 140 1.2  Developer release
 141
 142     o Analysis Factory framework- currently providing SOAP access to EMBOSS
 143       applications
 144
 145     o Support for FootPrinter, Genewise, Hmmpfam, Primate, Prints,
 146       Profile, Promoterwise, Pseudowise, Seg, Signalp, Tmhmm,TribeMCL,
 147       Blat,DBA,Lagan,Sim4,Fasta,ProtML,Vista
 148
 149     o Added support for PHYLIP apps: Consense, DrawGram, DrawTree, SeqBoot
 150
 151     o Added INSTALL.PROGRAMS providing references to download the program binaries.
 152
 153     o Bug Fixes that hopefully solves the 'too many open files' problem
 154
 155 0.01 Initial release
 156
 157     o Package is broken off from bioperl-live to support just
 158       runnable wrapper modules.
 159
 160     o Support for PAML codeml tested, aaml still waiting
 161
 162     o Support for Molphy protml, nucml to come
 163
 164     o Support for EMBOSS pkg - still need to move component from
 165       bioperl-live Bio::Factory::EMBOSS to this package and
 166       rename it Bio::Tools::Run::EMBOSSFactory or something
 167       equivalent.
 168
 169     o Support for Clustalw, TCoffee, Local NCBI BLAST.
 170
 171     o RepeatMasker, Genscan, Pseudowise, TribeMCL, Primate, Eponine.
 172
 173     o Support for remote analysis through Pise and NCBI Web Blast
 174       queue.
 175
 176     o Select PHYLIP apps: Neighbor, ProtDist, and ProtPars.