t/Sim4.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 20;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4;
  17 use Bio::SimpleAlign;
  18 use Bio::AlignIO;
  19 use Bio::SeqIO;
  20 use Bio::Root::IO;
  21
  22 END {
  23     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  24         skip("sim4 program not found. Skipping. (Be sure you have installed Sim4)",1);
  25     }
  26 }
  27
  28 ok(1);
  29 my $verbose = -1;
  30
  31 my $cdna = Bio::Root::IO->catfile("t","data","sim4_cdna.fa");
  32 my $genomic = Bio::Root::IO->catfile("t","data","sim4_genomic.fa");
  33 my @params = (W=>15,K=>17,D=>10,N=>10,cdna_seq=>$cdna,genomic_seq=>$genomic);
  34 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
  35
  36 unless (defined $factory->executable) {
  37     warn("Sim4 program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  38     exit 0;
  39 }
  40
  41 ok $factory->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4');
  42 my $bequiet = 1;
  43 $factory->quiet($bequiet);  # Suppress clustal messages to terminal
  44
  45 #test by having inputs in constructor
  46 my @exon_set = $factory->align;
  47
  48 my @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  49 ok $exons[0]->start, 26;
  50 ok $exons[0]->end, 268;
  51 ok $exons[0]->strand, 1;
  52
  53
  54 my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna,-format=>"fasta");
  55 my $sio2 = Bio::SeqIO->new(-file=>$genomic,-format=>"fasta");
  56
  57 #test with 2 seq objs
  58 my @cdna_seq;
  59 while(my $seq = $sio->next_seq){
  60     push @cdna_seq,$seq;
  61 }
  62 my @genomic_seq;
  63 while(my $seq = $sio2->next_seq){
  64     push @genomic_seq,$seq;
  65 }
  66
  67 @exon_set = $factory->align($cdna_seq[0],$genomic_seq[0]);
  68
  69 @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  70 ok $exons[0]->start, 26;
  71 ok $exons[0]->end, 268;
  72 ok $exons[0]->strand, 1;
  73
  74 #test with cdna database as file
  75
  76 my $db =  Bio::Root::IO->catfile("t","data","sim4_database.fa");
  77 @params = (W=>15,K=>17,D=>10,N=>10,cdna_seq=>$db,genomic_seq=>$genomic);
  78 $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
  79
  80 @exon_set = $factory->align();
  81 @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
  82 ok $exons[0]->start, 26;
  83 ok $exons[0]->end, 268;
  84 ok $exons[0]->strand, 1;
  85
  86 @exons = $exon_set[1]->sub_SeqFeature;
  87 ok $exons[0]->start, 26;
  88 ok $exons[0]->end, 268;
  89 ok $exons[0]->strand, 1;
  90
  91
  92 #test with cdna database as object
  93
  94 $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$db,-format=>"fasta");
  95 @cdna_seq=();
  96 while(my $seq = $sio->next_seq){
  97     push @cdna_seq,$seq;
  98 }
  99
 100 $factory->align(\@cdna_seq,$genomic);
 101
 102 @exon_set = $factory->align();
 103 @exons = $exon_set[0]->sub_SeqFeature;
 104 ok $exons[0]->start, 26;
 105 ok $exons[0]->end, 268;
 106 ok $exons[0]->strand, 1;
 107
 108 @exons = $exon_set[1]->sub_SeqFeature;
 109 ok $exons[0]->start, 26;
 110 ok $exons[0]->end, 268;
 111 ok $exons[0]->strand, 1;
 112