t/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 10;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Run::RepeatMasker;
  17 use Bio::SeqIO;
  18 use Env;
  19 END {
  20     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  21         skip("RepeatMasker program not found. Skipping. (Be sure you have the phrap package )",1);
  22     }
  23 }
  24 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} ? 1 : 0;
  25 my @params=("species" => "mammal","noint"=>1, 'qq' => 1, '-verbose' => $verbose);
  26 my $fact = Bio::Tools::Run::RepeatMasker->new(@params);
  27 $fact->quiet(1);
  28 if( ! $fact->executable ) {
  29     warn("RepeatMasker program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  30
  31     exit(0);
  32 }
  33
  34 ok ($fact->species, 'mammal');
  35 ok ($fact->noint,1);
  36 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile(qw(t data repeatmasker.fa));
  37
  38 my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $inputfilename , '-format' => 'fasta');
  39 my $seq = $in->next_seq();
  40 my @feats = $fact->mask($seq);
  41
  42 my $version = $fact->version;
  43
  44 ok ($feats[0]->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  45 ok ($feats[0]->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  46 ok ($feats[0]->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  47
  48 if( $version =~ /open-(\S+)/) {
  49     my $num = $1;
  50     if( $num ge '3.1.0' ) {
  51         ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  52         ok ($feats[0]->feature1->end, 1411);
  53         ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  54         ok ($feats[1]->feature1->start, 1710);
  55         ok ($feats[1]->feature1->end, 2052);
  56     } elsif( $num ge  '3.0.8' ) {
  57         ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  58         ok ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  59         ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  60         ok ($feats[1]->feature1->start, 1712);
  61         ok ($feats[1]->feature1->end, 2225);
  62     } else {
  63         skip("unknown RepeatMasker Version, cannot test",1) for ( 1..3);
  64     }
  65 } else {
  66     ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  67     ok ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  68     ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  69 }
  70
  71
  72
  73