t/Primate.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2
   3 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   4 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7 use vars qw($NUMTESTS);
   8
   9 my $error;
  10
  11 BEGIN {
  12     # to handle systems with no installed Test module
  13     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  14     # as a fallback
  15     eval { require Test; };
  16     $error = 0;
  17     if( $@ ) {
  18         use lib 't';
  19     }
  20     use Test;
  21
  22     $NUMTESTS = 6;
  23     plan tests => $NUMTESTS;
  24 }
  25
  26 if( $error ==  1 ) {
  27     exit(0);
  28 }
  29 END {
  30     foreach ( $Test::ntest .. $NUMTESTS ) {
  31         skip("unable to run all of the primate tests",1);
  32     }
  33 }
  34 my $testnum;
  35 my $verbose = 0;
  36
  37 ## End of black magic.
  38 ##
  39 ## Insert additional test code below but remember to change
  40 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  41 ## total number of tests that will be run.
  42
  43 use Bio::Tools::Run::Primate;
  44
  45 use Bio::SeqIO;
  46
  47 my $query = "t/data/primate_query.fa";
  48 my $target= "t/data/primate_target.fa";
  49
  50 my @params = ("query" => $query,"target" => $target,"m"=>0,"b"=>"TRUE");
  51 my $fact = Bio::Tools::Run::Primate->new(@params);
  52 unless ($fact->executable){
  53   warn("Primate program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS.\n");
  54   exit(0);
  55 }
  56
  57 ok($fact->isa("Bio::Tools::Run::Primate"));
  58 my @feat = $fact->search;
  59
  60 ok ($feat[0]->isa("Bio::SeqFeature::Generic"));
  61
  62 ok ($feat[2]->start,11);
  63 ok ($feat[5]->end,33);
  64 ok ($feat[6]->seq->seq,"TATTTCTAC");
  65 ok ($feat[12]->strand,-1);
  66