t/PAML.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS);
  11
  12 my $error;
  13
  14 BEGIN {
  15     # to handle systems with no installed Test module
  16     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  17     # as a fallback
  18     eval { require Test; };
  19     $error = 0;
  20     if( $@ ) {
  21         use lib 't';
  22     }
  23     use Test;
  24
  25     $NUMTESTS = 18;
  26     plan tests => $NUMTESTS;
  27
  28     unless (eval "require IO::String; 1;") {
  29         print STDERR "IO::String not installed. Skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS.\n";
  30         for ($Test::ntest..$NUMTESTS){
  31             skip(1,1);
  32         }
  33         exit(0);
  34     }
  35 }
  36
  37 if( $error ==  1 ) {
  38     exit(0);
  39 }
  40 END {
  41     foreach ( $Test::ntest .. $NUMTESTS ) {
  42         skip("unable to run all of the PAML tests",1);
  43     }
  44 }
  45 my $testnum;
  46 my $verbose = 0;
  47
  48 ## End of black magic.
  49 ##
  50 ## Insert additional test code below but remember to change
  51 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  52 ## total number of tests that will be run.
  53
  54 use Bio::Tools::Phylo::PAML; # PAML parser
  55 use Bio::Root::IO;
  56
  57 my $inpaml = new Bio::Tools::Phylo::PAML(-file =>
  58                                          Bio::Root::IO->catfile(qw(t data
  59                                                                    codeml.mlc)));
  60
  61 ok($inpaml);
  62
  63 use Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml;
  64 use Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00;
  65 use Bio::AlignIO;
  66 my $codeml = new Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml(-verbose => $verbose);
  67 unless ($codeml->executable) {
  68   warn("PAML not is installed. skipping tests $Test::ntest to $NUMTESTS\n");
  69   exit(0) ;
  70 }
  71
  72 my $in = new Bio::AlignIO(-format => 'phylip',
  73                           -file   => Bio::Root::IO->catfile(qw(t data
  74                                                                gf-s85.phylip)));
  75 my $aln = $in->next_aln;
  76 $codeml->alignment($aln);
  77 my ($rc,$results) = $codeml->run();
  78
  79 ok($rc,1);
  80 if( ! defined $results ) {
  81     exit(0);
  82 }
  83
  84 my $result = $results->next_result;
  85 my $MLmatrix = $result->get_MLmatrix;
  86
  87 my ($vnum) = ($result->version =~ /(\d+\.\d+)/);
  88 # PAML 2.12 results
  89 if( $vnum == 3.12 ) {
  90     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dN'}, 0.0693);
  91     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dS'},1.1459);
  92     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'omega'}, 0.0605);
  93     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'S'}, 273.5);
  94     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'N'}, 728.5);
  95     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'t'}, 1.0895);
  96 } elsif( $vnum >= 3.13 ) {
  97 # PAML 2.13 results
  98     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dN'}, 0.0713);
  99     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dS'},1.2462);
 100     ok(sprintf("%.4f",$MLmatrix->[0]->[1]->{'omega'}), 0.0572);
 101     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'S'}, 278.8);
 102     ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'N'}, 723.2);
 103     ok(sprintf("%.4f",$MLmatrix->[0]->[1]->{'t'}), 1.1946);
 104 } else {
 105     for( 1..6) {
 106         skip("Can't test the result output, don't know about PAML version ".$result->version,1);
 107     }
 108 }
 109
 110 ok($codeml->error_string !~ /Error/); # we don't expect any errors;
 111
 112 my $yn00 = Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00->new();
 113 $yn00->alignment($aln);
 114 ($rc,$results) = $yn00->run();
 115 ok($rc,1);
 116 if( ! defined $results ) {
 117     exit(0);
 118 }
 119 $result = $results->next_result;
 120 $MLmatrix = $result->get_MLmatrix;
 121
 122 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dN'}, 0.0846);
 123 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'dS'}, 1.0926);
 124 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'omega'}, 0.0774);
 125 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'S'}, 278.4);
 126 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'N'}, 723.6);
 127 ok($MLmatrix->[0]->[1]->{'t'}, 1.0941);
 128
 129 ok($yn00->error_string !~ /Error/); # we don't expect any errors;
 130
 131
 132 $codeml = new Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml
 133     (-params => { 'alpha' => 1.53 },
 134      -verbose => $verbose);
 135
 136 ok($codeml);