t/FootPrinter.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 18;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Run::FootPrinter;
  17 use Bio::SeqIO;
  18
  19 END {
  20     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  21         skip("FootPrinter program not found. Skipping.",1);
  22     }
  23 }
  24 my $treefile =Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "tree_of_life");
  25
  26 my @params = (
  27                'size'=>10,
  28               'sequence_type'=>'upstream',
  29               'subregion_size'=>30,
  30               'position_change_cost'=>5,
  31               'triplet_filtering'=>1,
  32               'pair_filtering'=>1,
  33               'post_filtering'=>1,
  34               'inversion_cost'=>1,
  35               'tree'   =>$treefile,
  36               'details'=>0,
  37               'verbose'=>0);
  38
  39 my $fact = Bio::Tools::Run::FootPrinter->new(@params);
  40
  41 if( ! $fact->executable ) {
  42     warn("FootPrinter program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  43
  44     exit(0);
  45 }
  46
  47 ok $fact->size, 10;
  48 ok $fact->sequence_type, 'upstream';
  49 ok $fact->subregion_size, 30;
  50 ok $fact->position_change_cost, 5;
  51 ok $fact->triplet_filtering,1;
  52 ok $fact->pair_filtering,1;
  53 ok $fact->post_filtering,1;
  54 ok $fact->inversion_cost,1;
  55 ok $fact->tree, $treefile;
  56
  57 my $input= Bio::Root::IO->catfile("t","data","FootPrinter.seq.fa");
  58
  59 my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$input" , '-format' => 'fasta');
  60 my @seq;
  61 while (my $seq = $in->next_seq){
  62   push @seq, $seq;
  63 }
  64 my @fp= $fact->run(@seq);
  65 ok $#fp, 5;
  66
  67 my $first = shift @fp;
  68
  69 my @motifs = $first->sub_SeqFeature;
  70 ok $#motifs, 1;
  71 ok $motifs[0]->seq_id,'TETRAODON';
  72 ok $motifs[0]->seq->seq, 'tacaggatgca';
  73 ok $motifs[0]->start, 352;
  74 ok $motifs[0]->end, 362;
  75 ok $motifs[1]->seq->seq, 'ccatatttgga';
  76 ok $motifs[1]->start, 363;
  77 ok $motifs[1]->end, 373;
  78
  79
  80
  81