t/Exonerate.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 88;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate;
  17 use Bio::Root::IO;
  18
  19 END {
  20     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  21         skip("exonerate program not found. Skipping. (Be sure you have installed Exonerate)",1);
  22     }
  23 }
  24
  25 ok(1);
  26 my $verbose = $ENV{BIOPERLDEBUG} || -1;
  27
  28 my $query= Bio::Root::IO->catfile("t","data","exonerate_cdna.fa");
  29 my $target= Bio::Root::IO->catfile("t","data","exonerate_genomic.fa");
  30 my $targetrev= Bio::Root::IO->catfile("t","data","exonerate_genomic_rev.fa");
  31
  32 my $run = Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate->new(-verbose  => $verbose,
  33                                                      arguments=>'--model est2genome --bestn 1');
  34 exit(0) unless( $run->executable );
  35
  36 ok $run->isa('Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate');
  37
  38 my $searchio= $run->run($query,$target);
  39 ok $searchio->isa("Bio::SearchIO");
  40 my @expect = ( [qw(29   268     4 242)],# target-start t-end query-start q-end
  41                [qw(526  646   243 363)],
  42                [qw(964 1056   364 456)],
  43                [qw(1770 1923  457 610)],
  44                [qw(2250 2479  611 840 )],
  45                [qw(2565 2687  841 963)],
  46                [qw(2769 3074  964 1279)] );
  47 RESULT: while(my $result = $searchio->next_result){
  48   while( my $hit = $result->next_hit ) {
  49 #      ok($hit->start('hit'), 29);
  50 #      ok($hit->end('hit'), 3074);
  51       my $i = 0;
  52     while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  53         ok ($hsp->hit->strand, 1);
  54         ok ($hsp->query->strand, 1);
  55         ok ($hsp->hit->start,$expect[$i]->[0]);
  56         ok ($hsp->hit->end,$expect[$i]->[1]);
  57         ok ($hsp->query->start,$expect[$i]->[2]);
  58         ok ($hsp->query->end,$expect[$i]->[3]);
  59         $i++;
  60         if( $verbose > 0 ) {
  61             warn("TARGET:", $hsp->hit->location->to_FTstring, "\n");
  62             warn("QUERY: ",$hsp->query->location->to_FTstring, "\n");
  63         }
  64     }
  65       last; # only show a single HIT
  66   }
  67   last;
  68 }
  69
  70
  71 $searchio= $run->run($query,$targetrev);
  72 ok $searchio->isa("Bio::SearchIO");
  73 my @expectrev = ( [qw(28   333   964 1279)],# target-start t-end query-start q-end
  74                   [qw(415  537   841 963)],
  75                   [qw(623 852    611 840)],
  76                   [qw(1179 1332  457 610)],
  77                   [qw(2046 2138  364  456)],
  78                   [qw(2456 2576  243 363)],
  79                   [qw(2834 3073  4 242)] );
  80 RESULT: while(my $result = $searchio->next_result){
  81     while( my $hit = $result->next_hit ) {
  82       my $i = 0;
  83     while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  84         ok ($hsp->hit->strand, 1);
  85         ok ($hsp->query->strand, -1);
  86         ok ($hsp->hit->start,$expectrev[$i]->[0]);
  87         ok ($hsp->hit->end,$expectrev[$i]->[1]);
  88         ok ($hsp->query->start,$expectrev[$i]->[2]);
  89         ok ($hsp->query->end,$expectrev[$i]->[3]);
  90         $i++;
  91         if( $verbose > 0 ) {
  92             warn("TARGET:", $hsp->hit->location->to_FTstring, "\n");
  93             warn("QUERY: ",$hsp->query->location->to_FTstring, "\n");
  94         }
  95     }
  96       last; # only show a single HIT
  97   }
  98   last;
  99 }
 100