t/ProteinNet.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9         test_begin(-tests => 171,
  10                            -requires_module => 'Graph',
  11                            -requires_module => 'XML::Twig' );
  12
  13         use_ok('Bio::Network::ProteinNet');
  14         use_ok('Bio::Network::IO');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 #
  20 # read old DIP format
  21 #
  22 my $io = Bio::Network::IO->new(
  23   -format => 'dip_tab',
  24   -file   => test_input_file("tab1part.tab"),
  25   -threshold => 0.6);
  26 ok(defined $io);
  27 ok my $g1 = $io->next_network();
  28 ok my $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  29 my @proteins = $node->proteins;
  30 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  31 ok $node = $g1->nodes_by_id('PIR:A64696');
  32 @proteins = $node->proteins;
  33 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  34 my %ids = $g1->get_ids_by_node($node);
  35 my $x = 0;
  36 my @ids = qw(A64696 2314583 3053N);
  37 for my $k (keys %ids) {
  38         ok ( $ids{$k} eq $ids[$x++] );
  39 }
  40 #
  41 # test deleting nodes
  42 #
  43 ok $g1->edges == 79;
  44 ok $g1->vertices == 76;
  45 # now remove 2 nodes: this removes 4 edges
  46 my $g2 = $g1->delete_vertices($g1->get_nodes_by_id('DIP:3082N'),
  47                                                                            $g1->get_nodes_by_id('DIP:3083N') );
  48 ok $g2->edges == 75;
  49 ok $g2->vertices == 74;
  50 #
  51 # test for identifiers and Annotations
  52 #
  53 ok $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  54 @proteins = $node->proteins;
  55 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  56 my $ac = $proteins[0]->annotation;
  57 @ids = $ac->get_Annotations('dblink');
  58 ok $ids[0]->primary_id eq "A64696";
  59 ok $ids[1]->primary_id eq "3053N";
  60 ok $ids[2]->primary_id eq "2314583";
  61 #
  62 # test some basic graph properties from Graph
  63 #
  64 ok sprintf("%.3f",$g2->density), "0.028";
  65 ok $g2->is_connected eq "";
  66 ok $g2->is_forest eq "";
  67 ok $g2->is_tree eq "";
  68 ok $g2->is_empty eq "";
  69 ok $g2->is_cyclic == 1;
  70 ok $g2->expect_undirected;
  71 #
  72 # get connected subgraphs
  73 #
  74 my @components = $g2->connected_components();
  75 ok scalar @components == 7;
  76 #
  77 # before deleting 3048N, 3047N has 2 neighbours
  78 #
  79 my @n1 = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  80 ok scalar @n1 == 2;
  81
  82 ok $g2->delete_vertices($g2->get_nodes_by_id('DIP:3048N'));
  83 #
  84 # after deleting there is only 1 interactor
  85 #
  86 @n1 = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  87 ok scalar @n1 == 1;
  88 my $ncount = $g2->neighbor_count($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  89 ok $ncount == 1;
  90 #
  91 # check that no undefs are left after node removal
  92 #
  93 my @edges = $g2->edges;
  94 for my $edgeref (@edges) {
  95         my %interactions = $g2->get_interactions(@$edgeref);
  96         for my $interaction (values %interactions) {
  97                 ok $interaction->primary_id;
  98         }
  99 }
 100 #
 101 # get an Interaction by its id
 102 #
 103 ok my $interx = $g2->get_interaction_by_id('DIP:4368E');
 104 ok $interx->primary_id eq 'DIP:4368E';
 105 #
 106 # count all edges
 107 #
 108 my $count = 0;
 109 ok $g2->edges == 74;
 110
 111 my @n = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3075N'));
 112 ok scalar @n == 12;
 113
 114 ok $g2->remove_nodes($g2->get_nodes_by_id('DIP:3075N'));
 115 ok scalar $g2->edges == 62;
 116 #
 117 # test connected_components
 118 #
 119 @components = $g2->connected_components();
 120 ok scalar @components == 17;
 121 #
 122 # test isolated_vertices
 123 #
 124 my @ucnodes = $g2->isolated_vertices;
 125 ok scalar @ucnodes == 10;
 126 #
 127 # test clustering_coefficent
 128 #
 129 ok  sprintf("%.3f", $g2->clustering_coefficient($g2->get_nodes_by_id('PIR:B64525'))) == 0.022;
 130 #
 131 # test get_nodes_by_id() method
 132 #
 133 ok defined $g2->get_nodes_by_id('PIR:B64525');
 134 is $g2->get_nodes_by_id('B64'), undef;
 135 #
 136 # test subgraph
 137 #
 138 $io = Bio::Network::IO->new
 139 (-format => 'psi10',
 140  -file   => test_input_file("bovin_small_intact.xml"));
 141 my $g = $io->next_network();
 142 ok $g->edges == 15;
 143 ok $g->nodes == 23;
 144
 145 @ids = qw(EBI-354674 EBI-444335 EBI-349968 EBI-354657
 146                          EBI-302230 EBI-640775 EBI-640793 EBI-79764);
 147 my @nodes = $g->get_nodes_by_id(@ids);
 148 ok scalar @nodes == 8;
 149 my $sg = $g->subgraph(@nodes);
 150 ok $sg->edges == 5;
 151 ok $sg->nodes == 8;
 152
 153 @nodes = $g->get_nodes_by_id($ids[0]);
 154 $sg = $g->subgraph(@nodes);
 155 ok $sg->edges == 0;
 156 ok $sg->nodes == 1;
 157 #
 158 # test internal method _all_pairs()
 159 #
 160 my @pairs = $g->_all_pairs(@ids);
 161 ok $#pairs == 27;
 162 @pairs = $g->_all_pairs("A","B");
 163 ok scalar @pairs == 1;
 164 #
 165 # test the add_interactions_from() method
 166 #
 167 $io = Bio::Network::IO->new
 168     (-format => 'dip_tab',
 169      -file   => test_input_file("tab4part.tab"));
 170 $g1 = $io->next_network();
 171
 172 my $io2 = Bio::Network::IO->new
 173     (-format => 'dip_tab',
 174      -file   => test_input_file("tab3part.tab"));
 175 $g2 = $io2->next_network();
 176
 177 ok $g1->edges == 5;
 178 ok $g1->nodes == 7;
 179 ok $g2->edges == 3;
 180 ok $g2->nodes == 5;
 181
 182 ok my $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:Q09472");
 183 ok my $node2 =  $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P04637");
 184 my %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 185 ok scalar keys %interx == 1;
 186
 187 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P10243");
 188 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("GenBank:2134877");
 189 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 190 ok scalar keys %interx == 1;
 191
 192 is my $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:16E"), undef;
 193 is $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:19E"), undef;
 194
 195 $g1->add_interactions_from($g2);
 196 #
 197 # $g1 should have 2 more Interactions with new interaction ids and
 198 # the same number of nodes and edges, $g2 should be unaffected
 199 #
 200 ok $g1->edges == 5;
 201 ok $g1->nodes == 7;
 202 ok $g2->edges == 3;
 203 ok $g2->nodes == 5;
 204
 205 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:Q09472");
 206 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P04637");
 207 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 208 ok scalar keys %interx == 2;
 209
 210 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P10243");
 211 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("GenBank:2134877");
 212 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 213 ok scalar keys %interx == 2;
 214
 215 ok $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:16E");
 216 ok $ix->weight == 3;
 217 ok $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:19E");
 218 ok $ix->weight == 12;
 219 #
 220 # test that removing a node removes its edges correctly
 221 #
 222 ok $io = Bio::Network::IO->new
 223   (-format => 'psi10',
 224         -file   => test_input_file("sv40_small.xml"));
 225 ok $g1 = $io->next_network();
 226 ok $g1->edge_count == 3;
 227 ok $g1->node_count == 5;
 228 ok $g1->is_connected == 0;
 229 @components = $g1->connected_components;
 230 ok scalar @components == 2;
 231
 232 my $n = $g1->get_nodes_by_id("EBI-617321");
 233 my @ns = $g1->edges_at($n);
 234 ok scalar @ns == 2;
 235 $g1->remove_nodes($n);
 236 ok $g1->edge_count == 1;
 237 ok $g1->node_count == 4;
 238 @components = $g1->connected_components;
 239 ok scalar @components == 3;
 240 @ns = $g1->isolated_vertices;
 241 ok scalar @ns == 2;
 242 @ns = $g1->unconnected_nodes;
 243 ok scalar @ns == 2;
 244 @ns = $g1->self_loop_vertices;
 245 ok @ns == 0;
 246 #
 247 # test components
 248 #
 249 @components = $g1->components;
 250 ok scalar @components == 3;
 251 #
 252 # random
 253 #
 254 $n = $g1->get_random_node;
 255 isa_ok( $n, 'Bio::Network::Node');
 256 my $e = $g1->get_random_edge;
 257 isa_ok( $e->[0], 'Bio::Network::Node');
 258
 259 __END__
 260
 261 Need to test:
 262
 263 _get_ids