t/ProteinNet.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8         test_begin(-tests => 171,
   9                            -requires_module => 'Graph',
  10                            -requires_module => 'XML::Twig' );
  11
  12         use_ok('Bio::Network::ProteinNet');
  13         use_ok('Bio::Network::IO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 #
  19 # read old DIP format
  20 #
  21 my $io = Bio::Network::IO->new(
  22   -format => 'dip_tab',
  23   -file   => test_input_file("tab1part.tab"),
  24   -threshold => 0.6);
  25 ok(defined $io);
  26 ok my $g1 = $io->next_network();
  27 ok my $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  28 my @proteins = $node->proteins;
  29 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  30 ok $node = $g1->nodes_by_id('PIR:A64696');
  31 @proteins = $node->proteins;
  32 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  33 my %ids = $g1->get_ids_by_node($node);
  34 my $x = 0;
  35 my @ids = qw(A64696 2314583 3053N);
  36 for my $k (keys %ids) {
  37         ok ( $ids{$k} eq $ids[$x++] );
  38 }
  39 #
  40 # test deleting nodes
  41 #
  42 ok $g1->edges == 79;
  43 ok $g1->vertices == 76;
  44 # now remove 2 nodes: this removes 4 edges
  45 my $g2 = $g1->delete_vertices($g1->get_nodes_by_id('DIP:3082N'),
  46                                                                            $g1->get_nodes_by_id('DIP:3083N') );
  47 ok $g2->edges == 75;
  48 ok $g2->vertices == 74;
  49 #
  50 # test for identifiers and Annotations
  51 #
  52 ok $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  53 @proteins = $node->proteins;
  54 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  55 my $ac = $proteins[0]->annotation;
  56 @ids = $ac->get_Annotations('dblink');
  57 ok $ids[0]->primary_id eq "A64696";
  58 ok $ids[1]->primary_id eq "3053N";
  59 ok $ids[2]->primary_id eq "2314583";
  60 #
  61 # test some basic graph properties from Graph
  62 #
  63 ok sprintf("%.3f",$g2->density), "0.028";
  64 ok $g2->is_connected eq "";
  65 ok $g2->is_forest eq "";
  66 ok $g2->is_tree eq "";
  67 ok $g2->is_empty eq "";
  68 ok $g2->is_cyclic == 1;
  69 ok $g2->expect_undirected;
  70 #
  71 # get connected subgraphs
  72 #
  73 my @components = $g2->connected_components();
  74 ok scalar @components == 7;
  75 #
  76 # before deleting 3048N, 3047N has 2 neighbours
  77 #
  78 my @n1 = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  79 ok scalar @n1 == 2;
  80
  81 ok $g2->delete_vertices($g2->get_nodes_by_id('DIP:3048N'));
  82 #
  83 # after deleting there is only 1 interactor
  84 #
  85 @n1 = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  86 ok scalar @n1 == 1;
  87 my $ncount = $g2->neighbor_count($g2->get_nodes_by_id('DIP:3047N'));
  88 ok $ncount == 1;
  89 #
  90 # check that no undefs are left after node removal
  91 #
  92 my @edges = $g2->edges;
  93 for my $edgeref (@edges) {
  94         my %interactions = $g2->get_interactions(@$edgeref);
  95         for my $interaction (values %interactions) {
  96                 ok $interaction->primary_id;
  97         }
  98 }
  99 #
 100 # get an Interaction by its id
 101 #
 102 ok my $interx = $g2->get_interaction_by_id('DIP:4368E');
 103 ok $interx->primary_id eq 'DIP:4368E';
 104 #
 105 # count all edges
 106 #
 107 my $count = 0;
 108 ok $g2->edges == 74;
 109
 110 my @n = $g2->neighbors($g2->get_nodes_by_id('DIP:3075N'));
 111 ok scalar @n == 12;
 112
 113 ok $g2->remove_nodes($g2->get_nodes_by_id('DIP:3075N'));
 114 ok scalar $g2->edges == 62;
 115 #
 116 # test connected_components
 117 #
 118 @components = $g2->connected_components();
 119 ok scalar @components == 17;
 120 #
 121 # test isolated_vertices
 122 #
 123 my @ucnodes = $g2->isolated_vertices;
 124 ok scalar @ucnodes == 10;
 125 #
 126 # test clustering_coefficent
 127 #
 128 ok  sprintf("%.3f", $g2->clustering_coefficient($g2->get_nodes_by_id('PIR:B64525'))) == 0.022;
 129 #
 130 # test get_nodes_by_id() method
 131 #
 132 ok defined $g2->get_nodes_by_id('PIR:B64525');
 133 is $g2->get_nodes_by_id('B64'), undef;
 134 #
 135 # test subgraph
 136 #
 137 $io = Bio::Network::IO->new
 138 (-format => 'psi10',
 139  -file   => test_input_file("bovin_small_intact.xml"));
 140 my $g = $io->next_network();
 141 ok $g->edges == 15;
 142 ok $g->nodes == 23;
 143
 144 @ids = qw(EBI-354674 EBI-444335 EBI-349968 EBI-354657
 145                          EBI-302230 EBI-640775 EBI-640793 EBI-79764);
 146 my @nodes = $g->get_nodes_by_id(@ids);
 147 ok scalar @nodes == 8;
 148 my $sg = $g->subgraph(@nodes);
 149 ok $sg->edges == 5;
 150 ok $sg->nodes == 8;
 151
 152 @nodes = $g->get_nodes_by_id($ids[0]);
 153 $sg = $g->subgraph(@nodes);
 154 ok $sg->edges == 0;
 155 ok $sg->nodes == 1;
 156 #
 157 # test internal method _all_pairs()
 158 #
 159 my @pairs = $g->_all_pairs(@ids);
 160 ok $#pairs == 27;
 161 @pairs = $g->_all_pairs("A","B");
 162 ok scalar @pairs == 1;
 163 #
 164 # test the add_interactions_from() method
 165 #
 166 $io = Bio::Network::IO->new
 167     (-format => 'dip_tab',
 168      -file   => test_input_file("tab4part.tab"));
 169 $g1 = $io->next_network();
 170
 171 my $io2 = Bio::Network::IO->new
 172     (-format => 'dip_tab',
 173      -file   => test_input_file("tab3part.tab"));
 174 $g2 = $io2->next_network();
 175
 176 ok $g1->edges == 5;
 177 ok $g1->nodes == 7;
 178 ok $g2->edges == 3;
 179 ok $g2->nodes == 5;
 180
 181 ok my $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:Q09472");
 182 ok my $node2 =  $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P04637");
 183 my %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 184 ok scalar keys %interx == 1;
 185
 186 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P10243");
 187 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("GenBank:2134877");
 188 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 189 ok scalar keys %interx == 1;
 190
 191 is my $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:16E"), undef;
 192 is $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:19E"), undef;
 193
 194 $g1->add_interactions_from($g2);
 195 #
 196 # $g1 should have 2 more Interactions with new interaction ids and
 197 # the same number of nodes and edges, $g2 should be unaffected
 198 #
 199 ok $g1->edges == 5;
 200 ok $g1->nodes == 7;
 201 ok $g2->edges == 3;
 202 ok $g2->nodes == 5;
 203
 204 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:Q09472");
 205 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P04637");
 206 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 207 ok scalar keys %interx == 2;
 208
 209 ok $node1 = $g1->get_nodes_by_id("UniProt:P10243");
 210 ok $node2 =     $g1->get_nodes_by_id("GenBank:2134877");
 211 %interx = $g1->get_interactions($node1,$node2);
 212 ok scalar keys %interx == 2;
 213
 214 ok $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:16E");
 215 ok $ix->weight == 3;
 216 ok $ix = $g1->get_interaction_by_id("DIP:19E");
 217 ok $ix->weight == 12;
 218 #
 219 # test that removing a node removes its edges correctly
 220 #
 221 ok $io = Bio::Network::IO->new
 222   (-format => 'psi10',
 223         -file   => test_input_file("sv40_small.xml"));
 224 ok $g1 = $io->next_network();
 225 ok $g1->edge_count == 3;
 226 ok $g1->node_count == 5;
 227 ok $g1->is_connected == 0;
 228 @components = $g1->connected_components;
 229 ok scalar @components == 2;
 230
 231 my $n = $g1->get_nodes_by_id("EBI-617321");
 232 my @ns = $g1->edges_at($n);
 233 ok scalar @ns == 2;
 234 $g1->remove_nodes($n);
 235 ok $g1->edge_count == 1;
 236 ok $g1->node_count == 4;
 237 @components = $g1->connected_components;
 238 ok scalar @components == 3;
 239 @ns = $g1->isolated_vertices;
 240 ok scalar @ns == 2;
 241 @ns = $g1->unconnected_nodes;
 242 ok scalar @ns == 2;
 243 @ns = $g1->self_loop_vertices;
 244 ok @ns == 0;
 245 #
 246 # test components
 247 #
 248 @components = $g1->components;
 249 ok scalar @components == 3;
 250 #
 251 # random
 252 #
 253 $n = $g1->get_random_node;
 254 isa_ok( $n, 'Bio::Network::Node');
 255 my $e = $g1->get_random_edge;
 256 isa_ok( $e->[0], 'Bio::Network::Node');
 257
 258 __END__
 259
 260 Need to test:
 261
 262 _get_ids