t/SeqTools/OddCodes.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  13         use_ok('Bio::Tools::OddCodes');
  14 }
  15
  16 my ($seqobj, $oddcode_obj);
  17
  18 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new('-seq'=>'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ',
  19                                '-alphabet'=>'protein',
  20                                '-id'=>'test');
  21 $oddcode_obj  =  Bio::Tools::OddCodes->new('-seq' => $seqobj);
  22
  23 isa_ok $oddcode_obj, 'Bio::Tools::OddCodes';
  24
  25 is ${$oddcode_obj->structural()}, 'ABAEEIAEIJEIIEOAEEAAUIAXAZ';
  26 is ${$oddcode_obj->chemical()}, 'LBSAARLCLJCLSMOIMCHHULRXRZ';
  27 is ${$oddcode_obj->functional()}, 'HBPAAHPCHJCHHPOHPCPPUHHXPZ';
  28 is ${$oddcode_obj->charge()}, 'NBNAANNCNJCNNNONNCNNUNNXNZ';
  29 is ${$oddcode_obj->hydrophobic()}, 'IBOOOIOOIJOIIOOIOOOOUIIXOZ';
  30 is ${$oddcode_obj->Dayhoff()}, 'CBADDGCEFJEFFDOCDECCUFGXGZ';
  31 is ${$oddcode_obj->Sneath()}, 'CBEFFHCHAJGADDOCDGEEUAHXHZ';
  32 is ${$oddcode_obj->Stanfel()}, 'ABACCDAEAJEAACOACEAAUADXDZ';