t/SeqFeature/Primer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 47);
  11     use_ok('Bio::SeqFeature::Primer');
  12     use_ok('Bio::PrimarySeq');
  13 }
  14
  15 my ($primer, $primer_seq, $location, $start, $end, $strand, $id, $tm, $tme, $template, $seq);
  16
  17 # Implied primer sequence
  18 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'AAAAACCCCCGGGGGTTTTT' );
  19 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new( -start => 6, -end => 10 ), 'Implied primer sequence';
  20 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  21 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  22 ok $template->add_SeqFeature($primer); # $primer->attach_seq($template);
  23 ok $primer_seq = $primer->seq;
  24 isa_ok $primer_seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  25 is $primer_seq->seq, 'CCCCC';
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  28 # Bio::PrimarySeq primer
  29 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'AAAAACCCCCGGGGGTTTTT' );
  30 $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  31 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq => $seq), 'PrimarySeq primer';
  32 ok $template->add_SeqFeature($primer); # $primer->attach_seq($template);
  33 ok $primer_seq = $primer->seq;
  34 isa_ok $primer_seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  35 is $primer_seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
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  37
  38 # Initialize with a sequence string
  39 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  40     -seq    => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
  41     -start  => 3,
  42     -id     => 'myid',
  43 );
  44 is $primer->start, 3;
  45 ok $primer_seq = $primer->seq;
  46 is $primer_seq->isa('Bio::PrimarySeqI'), 1;
  47 is $primer_seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  48 is $primer_seq->id, 'myid';
  49 is $primer->primary_tag, 'Primer';
  50 ok $primer->display_name('test');
  51 is $primer->display_name, 'test';
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  53
  54 # Coordinates
  55 ok $primer->start(2);
  56 is $primer->start, 2;
  57 ok $primer->end(19);
  58 is $primer->end, 19;
  59 ok $primer->strand(-1);
  60 is $primer->strand, -1;
  61 ok $location = $primer->location;
  62 isa_ok $location, 'Bio::LocationI';
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  65 # Melting temperatures
  66 ok $tm = $primer->Tm;
  67 is int($tm), 52;
  68 ok $tm = $primer->Tm(-salt => 0.05, -oligo => 0.0000001);
  69 ok $tme = $primer->Tm_estimate;
  70 is int($tme), 58;
  71 ok $tm = $primer->Tm_estimate(-salt => 0.05);
  72
  73
  74 # Legacy
  75 #   * initializing with -sequence
  76 #   * passing a string to location()
  77 {
  78    local $SIG{'__WARN__'} = sub {  }; # Silence deprecation warnings
  79    ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  80        -sequence => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
  81    );
  82    ok $location = $primer->location('3,25');
  83    is $location, '3,25';
  84 }
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  87 # Chad's tests
  88 $seq = Bio::Seq->new(
  89     -seq => 'gcatcgatctagctagcta' ,
  90     -id  => 'chads_nifty_sequence',
  91 );
  92 $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  93     -seq => $seq,
  94     -TARGET => '5,3'
  95 );
  96 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  97 is $primer->seq->display_id, 'chads_nifty_sequence';
  98 is $primer->seq->seq, 'gcatcgatctagctagcta';
  99 $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
 100     -seq => 'aaaaaacgatcgatcgtagctagct',
 101     -id => 'chads_nifty_primer',
 102     -TARGET => '5,3',
 103 );
 104 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
 105 isa_ok $primer->seq(), 'Bio::PrimarySeq';
 106 is $primer->seq->id, 'chads_nifty_primer';
 107 is $primer->seq->seq, 'aaaaaacgatcgatcgtagctagct';
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