t/SeqFeature/Primer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9     test_begin(-tests => 47);
  10     use_ok('Bio::SeqFeature::Primer');
  11     use_ok('Bio::PrimarySeq');
  12 }
  13
  14 my ($primer, $primer_seq, $location, $start, $end, $strand, $id, $tm, $tme, $template, $seq);
  15
  16 # Implied primer sequence
  17 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'AAAAACCCCCGGGGGTTTTT' );
  18 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new( -start => 6, -end => 10 ), 'Implied primer sequence';
  19 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  20 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  21 ok $template->add_SeqFeature($primer); # $primer->attach_seq($template);
  22 ok $primer_seq = $primer->seq;
  23 isa_ok $primer_seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  24 is $primer_seq->seq, 'CCCCC';
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  27 # Bio::PrimarySeq primer
  28 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'AAAAACCCCCGGGGGTTTTT' );
  29 $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  30 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq => $seq), 'PrimarySeq primer';
  31 ok $template->add_SeqFeature($primer); # $primer->attach_seq($template);
  32 ok $primer_seq = $primer->seq;
  33 isa_ok $primer_seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  34 is $primer_seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
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  36
  37 # Initialize with a sequence string
  38 ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  39     -seq    => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
  40     -start  => 3,
  41     -id     => 'myid',
  42 );
  43 is $primer->start, 3;
  44 ok $primer_seq = $primer->seq;
  45 is $primer_seq->isa('Bio::PrimarySeqI'), 1;
  46 is $primer_seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  47 is $primer_seq->id, 'myid';
  48 is $primer->primary_tag, 'Primer';
  49 ok $primer->display_name('test');
  50 is $primer->display_name, 'test';
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  53 # Coordinates
  54 ok $primer->start(2);
  55 is $primer->start, 2;
  56 ok $primer->end(19);
  57 is $primer->end, 19;
  58 ok $primer->strand(-1);
  59 is $primer->strand, -1;
  60 ok $location = $primer->location;
  61 isa_ok $location, 'Bio::LocationI';
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  64 # Melting temperatures
  65 ok $tm = $primer->Tm;
  66 is int($tm), 52;
  67 ok $tm = $primer->Tm(-salt => 0.05, -oligo => 0.0000001);
  68 ok $tme = $primer->Tm_estimate;
  69 is int($tme), 58;
  70 ok $tm = $primer->Tm_estimate(-salt => 0.05);
  71
  72
  73 # Legacy
  74 #   * initializing with -sequence
  75 #   * passing a string to location()
  76 {
  77    local $SIG{'__WARN__'} = sub {  }; # Silence deprecation warnings
  78    ok $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  79        -sequence => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
  80    );
  81    ok $location = $primer->location('3,25');
  82    is $location, '3,25';
  83 }
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  86 # Chad's tests
  87 $seq = Bio::Seq->new(
  88     -seq => 'gcatcgatctagctagcta' ,
  89     -id  => 'chads_nifty_sequence',
  90 );
  91 $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  92     -seq => $seq,
  93     -TARGET => '5,3'
  94 );
  95 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  96 is $primer->seq->display_id, 'chads_nifty_sequence';
  97 is $primer->seq->seq, 'gcatcgatctagctagcta';
  98 $primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  99     -seq => 'aaaaaacgatcgatcgtagctagct',
 100     -id => 'chads_nifty_primer',
 101     -TARGET => '5,3',
 102 );
 103 isa_ok $primer, 'Bio::SeqFeature::Primer';
 104 isa_ok $primer->seq(), 'Bio::PrimarySeq';
 105 is $primer->seq->id, 'chads_nifty_primer';
 106 is $primer->seq->seq, 'aaaaaacgatcgatcgtagctagct';
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