t/Tree/TreeStatistics.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: RandomTreeFactory.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 40);
  11
  12     use_ok('Bio::TreeIO');
  13     use_ok('Bio::Tree::Statistics');
  14 }
  15
  16
  17 use Data::Dumper;
  18 my $in = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  19                           -file   => test_input_file('traittree.nexus'));
  20 my $tree = $in->next_tree;
  21 my $node = $tree->find_node(-id => 'N14');
  22
  23
  24 my $stats = Bio::Tree::Statistics->new();
  25 is $stats->cherries($tree), 8, 'cherries';
  26 is $stats->cherries($tree, $node), 4, 'cherries';
  27
  28 # traits
  29 my $key = $tree->add_trait(test_input_file('traits.tab'), 3);
  30 is ($key, 'intermediate', 'read traits');
  31
  32 is $stats->ps($tree, $key), 4, 'parsimony score';
  33 is $stats->ps($tree, $key, $node), 1, 'subtree parsimony score';
  34
  35 my $node_i = $tree->find_node(-id => 'N10');
  36 my @values = sort $node_i->get_tag_values('ps_trait');
  37 ok eq_set (\@values, ['red', 'blue']), 'ps value';
  38
  39 is $stats->fitch_down($tree), 1, 'fitch_down';
  40 is $node_i->get_tag_values('ps_trait'), 'red', 'ps value after fitch_down';
  41
  42
  43
  44 $node_i = $tree->find_node(-id => '2'); # leaf
  45 is $stats->persistence($tree, $node_i), 1, 'persistence of a leaf';
  46
  47 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N1');
  48 is $stats->persistence($tree, $node_i), 1, 'persistence of an internal node value ';
  49
  50 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
  51 is $stats->persistence($tree, $node_i), 3,  'persistence of an internal node value';
  52
  53 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
  54 is $stats->persistence($tree, $node_i), 2,  'persistence of an internal node value';
  55
  56 my $value;
  57
  58 $node_i = $tree->find_node(-id => '1');
  59 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 0,  'leaf node: number of clusters = 0 ';
  60
  61 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N3');
  62 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 1,  'number of clusters ';
  63
  64 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
  65 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 1,  'number of clusters ';
  66
  67 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  68 is $stats->count_subclusters($tree, $node_i), 2,  'number of clusters ';
  69
  70
  71
  72 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N12');
  73 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 2,  'number of leaves in phylotype ';
  74
  75 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
  76 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 4,  'number of leaves in phylotype ';
  77
  78 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
  79 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 6,  'number of leaves in phylotype ';
  80
  81 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  82 is $stats->count_leaves($tree, $node_i), 6,  'number of leaves in phylotype ';
  83
  84
  85
  86 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N4');
  87 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 1,  'phylotype length';
  88
  89 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
  90 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 5,  'phylotype length';
  91
  92 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
  93 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 12,  'phylotype length';
  94
  95 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
  96 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 6,  'phylotype length';
  97
  98 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
  99 is $stats->phylotype_length($tree, $node_i), 11,  'phylotype length';
 100
 101
 102 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N4');
 103 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 1,  'sum of leaf distances';
 104
 105 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N6');
 106 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 6,  'sum of leaf distances';
 107
 108 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N7');
 109 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 18,  'sum of leaf distances';
 110
 111 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N13');
 112 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 8,  'sum of leaf distances';
 113
 114 $node_i = $tree->find_node(-id => 'N14');
 115 is $stats->sum_of_leaf_distances($tree, $node_i), 18,  'sum of leaf distances';
 116
 117
 118
 119 is sprintf ("%.3f", $stats->genetic_diversity($tree, $node_i)), '3.000',  'genetic diversity';
 120
 121 is sprintf ("%.3f", $stats->statratio($tree, $node_i)), '0.333',  'separation';
 122
 123
 124 is $stats->ai($tree, $key), 0.628906, 'association index';
 125 is $stats->ai($tree, $key, $node), 0.062500, 'subtree association index';
 126
 127 my $mc = $stats->mc($tree, $key);
 128 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
 129 is ($mc->{red}, 4, 'monophyletic clade size');
 130 $node = $tree->find_node(-id => 'N10');
 131 $mc = $stats->mc($tree, $key, $node);
 132 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
 133 is ($mc->{red}, 2, 'monophyletic clade size');
 134
 135